Estudió física en la Universidad de Ámsterdam bajo la dirección de Pieter Zeeman, obteniendo su doctorado en 1931 sobre el efecto Zeeman en líneas espectrales de gases nobles. En 1933 comienza a trabajar en el departamento científico de Philips en Eindhoven donde su interés en física nuclear crece durante la Segunda Guerra Mundial cooperando con August Heyn en el desarrollo de un ciclotrón . Después de que la guerra, Bakker se convirtió en director del Instituto por Física Nuclear de Ámsterdam patrocinado por Philips.

En 1951, Bakker fue invitado por Pierre Auger (entonces director del departamento científico de la Unesco) para diseñar el proyecto del CERN con un grupo de ocho expertos. Un año más tarde (1952) se convirtió en director del grupo responsable del diseño y construcción del Sincrociclotrón (SC). En 1952 Bakker ingresó en la Real Academia de Artes y Ciencias de los Países Bajos. ^[2]​ En 1955, reemplazó a Félix Bloch como Director General del CERN. Cuando llevaba 5 años al frente del CERN murió en un accidente de avión..