Antes de empezar la fase final del torneo, 99 equipos debieron disputar su clasificación en dos rondas previas jugadas durante el verano. 88 de los equipos se clasificaron directamente para alguna de las dos rondas la temporada anterior en sus respectivas ligas, y los otros 11 equipos fueron los ganadores de la última ronda de la Copa Intertoto de la UEFA 2006.

Los 32 equipos que superaron la segunda ronda de clasificación accedieron finalmente a la primera ronda del torneo.

En la primera fase de clasificación jugaron los equipos procedentes de ligas europeas con coeficientes UEFA más bajos, así como dos equipos que ganaron su plaza por su coeficiente de juego limpio de equipos (el SK Brann de Noruega y el KSV Roeselare de Bélgica), y un equipo ganador de una plaza extra otorgada a la liga con mejor coeficiente de juego limpio de ligas (el Gefle IF de Suecia).

En el sorteo realizado en Nyon, Suiza, el 23 de junio de 2006, entraron un total de 70 equipos, divididos en tres zonas geográficas. Las restricciones del sorteo eran que cada equipo se debía enfrentar a otro de su misma zona y a su vez no se podía enfrentar a otro equipo de su mismo país.

Los partidos de ida se disputaron el 13 de julio y los de vuelta el 27 de julio de 2006.

Los 35 equipos clasificados de la primera ronda se unieron a otros 29 clasificados directamente para la segunda ronda, incluidos los 11 vencedores de la Copa Intertoto de la UEFA 2006, para formar los 32 emparejamientos finales que decidirían los clasificados para la primera fase de la competición.

El sorteo para decidir los partidos se realizó en Nyon el 28 de julio, y siguió el mismo formato que el de la primera fase de clasificación, dividiendo los equipos en zonas geográficas e impidiendo que se enfrentes dos clubes procedentes del mismo país.

Los partidos de ida se disputaron entre el 8 y el 10 de agosto y los de vuelta el 24 de agosto de 2006.

La primera ronda de la competición consistió en emparejamientos a doble partido entre los 80 equipos clasificados finalmente. 32 de ellos lo habían conseguido directamente, otros 32 lo consiguieron en las fase de clasificación previas, y a ellos se unieron los 16 equipos que no consiguieron acceder a la Liga de Campeones de la UEFA en su última ronda de clasificación.

Según el sorteo realizado en Mónaco el día 25 de agosto de 2006, se formaron 40 emparejamientos con cabezas de serie y la restricción de no jugar equipos del mismo país entre sí. La eliminatoria consistió en dos partidos de ida y vuelta, disputados el 14 y el 28 de septiembre, respectivamente.

El sorteo para la fase de grupos se efectuó en Nyon el día 3 de octubre de 2006. En él se repartieron los equipos en ocho grupos de cinco integrantes. Accederán a la siguiente ronda los tres primeros clasificados.

La liguilla de cada grupo constó de una sola vuelta, de tal manera que cada equipo disputase entre sus cuatro rivales dos partidos como local y dos como visitante. Un programa informático se encargó de asignar la localía de cada encuentro, procurando que no se disputen partidos en los países del norte en el mes de diciembre.

Esta fase fue disputada entre el 19 de octubre, y el 14 de diciembre de 2006.

Leyenda:

Después de la fase de grupos, el día 15 de diciembre de 2006 se celebró el sorteo para asignar los emparejamientos de las dos rondas siguientes, disputadas como eliminatorias de ida y vuelta. Cada campeón de grupo en la ronda anterior quedó encuadrado junto a un tercer clasificado como local, con la ventaja de disputar la vuelta como local para el equipo campeón. Los segundos clasificados se enfrentaron a los repescados de la Liga de Campeones, también con ventaja de campo para el partido de vuelta.

Los partidos de ida se disputaron los días 14 y 15 de febrero. La vuelta de la eliminatoria está prevista para el día 22 de febrero.

Las eliminatorias de octavos de final quedaron decididas en el mismo sorteo de los dieciseisavos de final. La ida de esta eliminatoria se disputó el 8 de marzo de 2007, mientras que la vuelta el 14 y 15 de marzo.

El sorteo de los cuartos de final, donde también se sortearon semifinales y final, se llevó a cabo el 16 de marzo de 2007 en el escenario de la final, Glasgow.
La ida de esta eliminatoria se disputó el 5 de abril de 2007, mientras que la vuelta el 12 del mismo mes.

Los partidos de ida y vuelta se disputaron los días 26 de abril y 3 de mayo, respectivamente.

• Liga de Campeones de la UEFA 2006-07
• Copa Intertoto de la UEFA 2006