En la primera fase participaron^[2]​ el Balonmano Benidorm, Conservas Orbe Porriño, Lavadores Vigo, Balonmano Salud Tenerife, Balonmano Castellón, Helvetia Alcobendas, Lanzarote Puerto del Carmen, Sant Quirze, Grafometal La Rioja, Zubileta Evolution Zuazo, Vinos Doña Berenguela Bolaños y el Balonmano Morvedre.

La segunda fase se sorteó el lunes 9 de noviembre^[10]​ en la sede de la Federación Española de Balonmano y se disputaron, a ida y vuelta, entre el 18 de enero de 2020 y el 16 de febrero. A los clasificados en la eliminatoria anterior (los 2 equipos de la División de Honor Plata Vino Doña Berenguela Bolaños y Lanzarote Puerto del Carmen y los 4 de la División de Honor (Porriño, Tenerife, Alcobendas y Zuazo) se unen los 6 equipos de División de Honor que no jugaron la fase anterior (Granollers, Gijón, Rocasa, Guardés, Aula y Elche)

Celebrada completamente en el pabellón El Limón, de Alhaurín de la Torre, con restricciones de aforo debido a las medidas sanitarias obligatorias, el Rincon Fertilidad Málaga acogía como anfitrión el torneo del KO. Acompañaba en el top 8 el que era el vigente campeón, el Super Amara Bera Bera y los 6 equipos clasificados en la eliminatoria anterior:^[23]​ Elche visitelche.com, Aula Alimentos de Valladolid, Rocasa Gran Canaria, Mecalia Atlético Guardés, el Liberbank Gijón y el KH7 Bm. Granollers.

El torneo empezó con un partido de infarto entre el Super Amara Bera Bera y el Elche visitElche.com donde las ilicitanas sellaron su pase a semifinales gracias a un altísimo ritmo en el partido y una mágica Ivet Musons que, con 11 goles, dirigió hacia la victoria para imponerse por 24 a 28^[24]​ al conjunto vasco. En semifinales se enfrentaría al Aula Cultural, que se impuso en cuartos al Atlético Guardés por 34 a 31,^[25]​ partido dirimido en la prórroga tras terminar el tiempo reglamentario con un empate a 27.

Por la parte baja del cuadro el Liberbank Gijón se imponía por 26 a 20^[26]​ al KH7 Balonmano Granollers gracias al ordenado juego que desarrolló el equipo asturiano en el segundo tiempo y al buen hacer de Cecilia Cacheda elegida MVP del partido. Y esperaba en semifinales el Rincón Fertilidad Málaga que se deshizo del Rocasa Gran Canaria por 23 a 18^[27]​ en un partido mayúsculo de la defensa malagueña, una Merche Castellanos casi perfecta y las hermanas López volando al contraataque.

Los partidos de semifinales clasificaron al Elche y al Costa tras ganar sus respectivos encuentros. En la primera semifinal el Rincón Fertilidad Málaga se imponía en un partido dirimido en los penaltis (27 a 29^[28]​) al equipo gijonés. En la segunda semifinal, el Elche ganó al Aula con un claro 24 a 17^[29]​ cimentado, de nuevo, en el buen hacer de Ivet Musons y Lysa Tchaptchet en el terreno de juego y el trabajo en la portería de Nicole Morales, un partido que, a pesar de su resultado final, se dirimió en el segundo tiempo.

En la final, el Rincón Fertilidad Málaga se impuso por 20 a 24 ante visitElche Bm. Elche^[30]​ en un partido en el que lucieron Silvia Arderius en la manija del ataque y Merche Castellanos con 12 paradas , en un partido donde la defensa del equipo malagueño marcó la diferencia, proclamándose por primera vez campeonas de la Copa de la Reina.