Para esta edición se aplicaron cambios en la fase preliminar, se eliminó el doble partido y se reemplazó por un partido único, se añadió una fase antes de octavos de final donde los terceros de la fase de grupos de la Copa Libertadores serán transferidos y jugarán contra los segundos de fase de grupos de Copa Sudamericana por un cupo a los octavos de Final.^[6]​ Los participantes se distribuyen de la siguiente manera:^[7]​

• En la primera fase, los equipos de todas las federaciones, excepto Argentina y Brasil, juegan contra un equipo de su mismo país en llaves a partido único con la localía determinada para el primer equipo del cruce que salga sorteado. Los ganadores clasificarán a la fase de grupos, asegurando que al menos dos equipos de cada federación participen en esta instancia.
• Se incluirán en la fase de grupos los equipos de Argentina y Brasil, así como los cuatro equipos eliminados en la tercera fase clasificatoria de la Copa Libertadores 2023. Los ganadores de cada grupo se clasificarán a los octavos de final.
• Los ocho equipos clasificados segundos en la fase de grupos y los ocho terceros de la fase de grupos de la Copa Libertadores 2023, disputarán la eliminatoria de octavos, en partidos de ida y vuelta.^[6]​
• Los ocho ganadores de la eliminatoria de octavos, clasifican directamente a la fase eliminatoria, donde enfrentarán a los ocho ganadores de la fase de grupos.^[6]​

El calendario del torneo fue publicado por la Conmebol el 7 de julio de 2022^[8]​^[9]​^[10]​ y modificado el 19 de diciembre de 2022.^[6]​

El 15 de septiembre de 2023, fue designado el estadio Domingo Burgueño Miguel como sede de la final.^[13]​^[14]​ Las informaciones originales indicaban que se disputaría en el estadio Centenario,^[15]​ pero las autoridades de Conmebol comenzaron a ver con buenos ojos la posibilidad de trasladarlo hacia otro estadio con menor capacidad. Una delegación de la confederación recorrió las instalaciones del estadio Gran Parque Central y algunos medios locales se hicieron eco de que la valoración había sido positiva, por lo que contaba con altas chances de recibir dicho partido,^[16]​ pero la organización tomó la decisión de trasladar la final hacia Maldonado. Posteriormente se supo que desde Brasil solicitaron no disputar la final en Montevideo y su organización encontró positivo instalarse en Punta del Este.^[17]​^[18]​

El estadio recibió algunas mejoras financiadas por la Conmebol para recibir la final de la competición. ^[19]​

Notas:

Los cuatro equipos perdedores de la fase 3 de la Copa Libertadores 2023 pasaron a la fase de grupos de este torneo y los ocho que ocupen el tercer puesto, en la fase de grupos del mismo torneo, disputaron las eliminatorias preliminares de octavos de final.

Distribución geográfica de las sedes de los equipos participantes:

El sorteo se realizó el 21 de diciembre de 2022 a las 12:00 (UTC–3) en la sede de la Conmebol, ubicada en la ciudad de Luque, Paraguay. Ese mismo día, se sortearon las fases preliminares de la Copa Libertadores 2023.^[33]​ Por cada asociación miembro, hubo un bombo donde fueron ubicados los cuatro equipos pertenecientes a dichas federaciones. En los cruces ejercerá la localía en el partido único, aquel haya sido sorteado en posición impar, el cruce de los dos primeros equipos sorteados en cada bombo, recibió la asignación 1 de cada país, para la fase de grupos, el siguiente cruce con los dos equipos restantes recibió la asignación 2.

El sorteo de la fase de grupos se realizó el 27 de marzo de 2023, junto con el sorteo de la fase de grupos de la Copa Libertadores 2023.

Los bombos serán distribuidos según el ranking Conmebol al 16 de diciembre de 2022.^[34]​ Dos equipos de un mismo país no podrán encontrarse en el mismo grupo.^[35]​

Se constituyó como primera fase y se disputó por eliminación directa a partido único, entre equipos de la misma federación.

Los participantes se distribuyen en ocho grupos de cuatro equipos cada uno. Los 4 perdedores de la fase 3 de la Copa Libertadores 2023 ingresaron en esta fase. Los primeros de cada grupo pasarán a los octavos de final, los segundos avanzan al play-off de octavos de final. Los criterios de clasificación son los siguientes:

1. Puntos obtenidos.
2. Diferencia de goles.
3. Mayor cantidad de goles marcados.
4. Mayor cantidad de goles marcados como visitante.
5. Ubicación en el ranking Conmebol.

Se compone de cinco etapas: play-off de octavos, octavos y cuartos de final, semifinales y final. Se disputarán por eliminación directa en partidos de ida y vuelta, excepto la Final, que se jugará a partido único. Los ocho terceros de la Fase de grupos de la Copa Libertadores 2023 ingresarán en esta fase.

Los equipos se numerarán con el fin de establecer las localías en los cruces a dos partidos, según su desempeño anterior, ocupando los primeros clasificados en la fase de grupos los ocho primeros lugares, los siguientes ocho puestos para los segundos de grupo y los transferidos de la Copa Libertadores los ocho últimos. Los de menor numeración fueron locales en el partido de vuelta.