El torneo se desarrolló plenamente bajo un formato de eliminación directa, donde cada equipo enfrentaba a su rival de turno en partidos de ida y vuelta. De los 34 participantes, solamente Pachuca —último campeón—, Boca Juniors, River Plate —invitados por Conmebol—, y los tres invitados de Concacaf iniciaron el torneo desde los octavos de final. Los restantes 28 debieron disputar las dos fases clasificatorias. De allí salieron los últimos 10 clasificados a las fases finales, compuestas por los octavos de final, los cuartos de final, las semifinales y la final, en la que se declaró al campeón. Como criterios de desempate en caso de igualdad de puntos y diferencia de goles al finalizar los dos encuentros de una llave, en cualquiera de la fases, se aplicaron la regla del gol de visitante y los tiros desde el punto penal.^[1]​

En cursiva los equipos debutantes en el torneo.

Distribución geográfica de las sedes de los equipos participantes:

Los ocho países de América del Sur, excluyendo Argentina y Brasil, fueron separados en cuatro "grupos" o llaves, de acuerdo a sus respectivas ubicaciones geográficas: Bolivia y Chile, en el A; Ecuador y Venezuela, en el B; Colombia y Perú, en el C; Paraguay y Uruguay, en el D. El primer clasificado de cada país enfrentó al segundo del otro que integrara su misma zona. Los 8 ganadores avanzaron a la primera fase.

Los 8 ganadores de la fase preliminar fueron emparejados en cuatro nuevas llaves, enfrentándose entre sí los dos ganadores de cada "grupo". Asimismo, con los últimos cuatro clasificados de Argentina por un lado y los ocho clasificados de Brasil por otro se establecieron los seis cruces restantes. Los 10 ganadores avanzaron a los octavos de final.

Las fases finales estuvieron compuestas por cuatro etapas: octavos de final, cuartos de final, semifinales y final. A los 10 ganadores de la primera fase se les sumaron Pachuca —último campeón—, Boca Juniors, River Plate, —invitados de Argentina—, América, Guadalajara —invitados de México— y D.C. United —invitado de Estados Unidos—. A los fines de establecer las llaves de los octavos de final, se tuvo en cuenta la denominación que se le asignó a cada equipo; en el caso de los cuadros que clasificaron desde la primera fase, dicha denominación fue determinada por el nombre del cruce que ganaron en aquella instancia. De esa manera, el Octavofinalista 1 enfrentó al Octavofinalista 8, el 2 al 7, el 3 al 6, y el 4 al 5; mientras que los clasificados de Argentina y Brasil se enfrentaron, respectivamente, el I de un país ante el IV del otro, el II ante el III, el III ante el II, y el IV ante el I. En caso de que dos equipos de un mismo país alcanzaran la ronda de semifinales, se debía alterar, de ser necesario, el orden de las llaves para que ambos se enfrentaran en la mencionada instancia, a fin de evitar que puedan cruzarse en la final.

• Nota: En cada llave, el equipo que ocupa la primera línea es el que definió la serie como local.
• Nota 2: El Reglamento de la competición, en su artículo 5.12, establece: A la final no podrán arribar dos equipos de una misma asociación nacional. Por lo tanto, si dos clubes de una misma asociación accedieren a semifinales, estos deberán enfrentarse entre sí en dicha instancia. Al haber arribado dos equipos argentinos a semifinales —Arsenal y River Plate—, el cuadro debió alterarse de manera tal que ambos equipos tuvieron que enfrentarse en dicha instancia, definiendo al local del primer partido mediante un sorteo. Los otros dos cuadros semifinalistas —América y Millonarios— se cruzaron en la otra llave, y el orden de sus localías fue acordada entre ambos clubes y Conmebol.
• Nota 3: El Reglamento de la competición, en su artículo 5.13, establece: El torneo finalizará, indefectiblemente, en terreno sudamericano. En consecuencia, América debió disputar su primer partido en la final en condición de local.

• Copa Libertadores 2007
• Recopa Sudamericana 2008
• Copa Suruga Bank 2008

• Copa Sudamericana 2007 en Conmebol.com
• Copa Sudamericana 2007 en RSSSF.com