El 1 de agosto de 2016 se realizó el sorteo^[2]​ para determinar los dos grupos de la Copa Libertadores de Futsal Femenina. En el sorteo se establecieron dos cabezas de serie, uno de ellos el equipo que representa al país organizador, en este caso el Santiago Morning de Chile,^[3]​ y el otro representante el equipo que representa al último país en ganar la Copa Libertadores, el club Barateiro de Brasil que fue justamente el campeón en la edición 2015.

La competición está dividida en dos grupos de cinco equipos cada grupo y el sistema de competición es a una vuelta a jugar contra todos los equipos del grupo. Los dos primeros equipos de cada grupo pasarán a las semifinales, y el ganador de cada semifinal jugará la final para determinar el campeón del torneo. Adicionalmente los equipos perdedores de las semifinales disputarán un partido para definir el tercer y cuarto puesto, los dos terceros de cada grupo deberán definir el quinto y sexto puesto, los dos cuartos el séptimo y octavo puesto y los dos quintos, el noveno y décimo puesto.^[4]​