El formato y otros detalles se anunciaron el 25 de noviembre de 2024. Los 20 equipos de la J1 League 2024 participaron, así como todos los equipos de la J2 League 2024 y J3 League. El torneo se dividió en tres fases con cada una teniendo un formato diferente: la primera ronda, la ronda de play-off y la ronda principal. Como en ediciones anteriores, cuatro equipos obtuvieron un bye o una clasificación directa para la ronda principal, estos fueron los clasificados a la fase eliminatoria de la Liga de Campeones 2023-24 y Urawa Red Diamonds (Participante en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2025) esto debido a un conflicto de calendario ya que las tres competiciones se jugaron en fechas similares.^[2]​

Primera ronda

En esta ronda ingresaron 57 equipos que fueron divididos en 10 grupos por cercanía geográfica. Cada grupo participó en llaves de eliminación simple, dejando 10 clubes para avanzar a la ronda de play-off. El sorteo de la primera ronda se basó en las posiciones de la temporada 2023. Como norma general, el club de la liga inferior jugó su partido en casa. En el caso de clubes que estaban en la misma liga, el club con menor ranking de la temporada 2023 fue el equipo local. En caso de empate, los partidos fueron a prórroga y penales para determinar un ganador si era necesario.^[3]​

Fase de play-off

Los 10 clubes que se clasificaron en la primera ronda se dividieron en cinco partidos de ida y vuelta y se enfrentaron entre sí en casa y fuera. Los cinco clubes restantes avanzaron a la fase principal.

Fase principal

• • Jugarán los cuatro equipos que recibieron un bye junto con los cinco ganadores de la ronda de play-off, dando un total de ocho clubes participantes.
  • Fase eliminatoria: En cuartos de final y semifinales se enfrentaron en serie de dos partidos, a ida y vuelta. En caso de igualdad en el total de goles, se realizó una prórroga, en donde no tuvo valor los goles fuera de casa. De continuar la igualdad en el marcador global, se realizó una tanda de penales.
  • La final se jugó a un solo partido. En caso de empate en los 90 minutos se hizo una prórroga; si aún persistía la igualdad, se ejecutó una tanda de penales.
    • Si la final se cancelaba y no se podía establecer una fecha alternativa, los dos equipos que hubieran avanzado a la final serían tratados como ganadores, pero si el motivo de la cancelación se debía a la culpa de un solo club, entonces el otro se hubiese consagrado campeón del certamen. Por otra parte, ambos conjuntos serían subcampeones si la razón se atribuía a impericias de ambos finalistas.

Todo el calendario del certamen fue anunciado el 25 de noviembre de 2024, a excepción de la final.

• J1 League 2025
• J2 League 2025
• J3 League 2025
• Supercopa de Japón 2025
• Copa del Emperador 2025