La reglamentación básica del torneo varió con respecto al año anterior debido al cambio de formato de la Liga de Campeones de la AFC. Para la edición 2009, este torneo aumentó la cantidad de participantes y, en consecuencia, los de Japón, que pasaron de ser dos equipos a cuatro en total. De esta manera, en la Copa J. League ya no habrían 16 equipos compitiendo en la fase de grupos, sino 14.

• Formaron parte del torneo los 18 equipos que participaron de la J. League Division 1 2009.
  • Kashima Antlers, Kawasaki Frontale, Nagoya Grampus y Gamba Osaka, clasificados para la Liga de Campeones de la AFC 2009, estuvieron exentos de participar en la fase de grupos e ingresaron directamente a cuartos de final.
• Fase de grupos: se fijó el 25 de marzo para el inicio de la participación de los restantes 14 equipos, que fueron divididos en dos grupos de siete clubes cada uno.
  • Cada zona se desarrolló de la siguiente manera: un equipo jugó contra los otros de su mismo grupo una sola vez, de forma tal que completó seis partidos jugados; de estos encuentros, tres son disputados en condición de local y tres de visitante. En cada fecha se disputaron tres partidos, pero como la cantidad de cuadros por zona es impar, en todas las fechas un club tenía que quedar libre. Así, la cantidad de jornadas totales fueron siete.
  • Para determinar el orden de clasificación de los equipos se utilizó el siguiente criterio:

1. Puntos obtenidos.

2. Diferencia de goles.

3. Goles a favor.

4. Resultado entre los equipos en cuestión.

5. Cantidad de faltas cometidas.

6. Sorteo.

Los dos mejores de cada grupo a la fase final.

• Fase final: se llevó a cabo entre los cuatro clubes provenientes de la primera fase junto con Kashima Antlers, Kawasaki Frontale, Nagoya Grampus y Gamba Osaka.
  • En cuartos de final y semifinales se enfrentaron en serie de dos partidos, a ida y vuelta. En caso de igualdad en el total de goles, se aplicaría la regla del gol de visitante y si aún persistía el empate se realizaría una prórroga, en donde ya no tendrían valor los goles fuera de casa. De continuar la igualdad en el marcador global, se realizaría una tanda de penales.
  • La final se jugó a un solo partido. En caso de empate en los 90 minutos se haría una prórroga; si aún persistía la igualdad se ejecutaría una tanda de penales.

• En cuartos de final y semifinales, el equipo de arriba es el que ejerció la localía en el partido de vuelta.
• Los horarios de los partidos corresponden al huso horario de Japón: (UTC+9)

El Premio Nuevo Héroe es entregado al mejor jugador del torneo menor de 23 años.

• Asociación de Fútbol de Japón
• Copa Suruga Bank 2010

• Copa Yamazaki Nabisco J. League 2009: Sistema de juego (en japonés)