Se ha seguido la reglamentación del año anterior. Sin embargo, en la Liga de Campeones de la AFC 2006 uno de los dos representantes de Japón, Tokyo Verdy 1969, pertenecía a la segunda división en este momento, de modo tal que el método empleado en la fase de grupos sería un tanto especial. Además, en la fase final fue adoptada por primera vez la regla del gol de visitante.

• Formaron parte del torneo los 18 equipos que participaron de la J. League Division 1 2006.
  • Gamba Osaka, clasificado para la Liga de Campeones de la AFC 2006, estuvo exento de participar en la fase de grupos e ingresó directamente a cuartos de final.
  • A pesar de haber participado en el mencionado torneo continental, Tokyo Verdy 1969 no fue elegido para ser sorteado porque disputaba la J. League Division 2.
• Fase de grupos: se fijó el 29 de marzo para el inicio de la participación de los restantes 17 equipos, que fueron divididos en cuatro grupos: tres de cuatro clubes cada uno y el restante de cinco conjuntos.
  • El sorteo de cada grupo se determinó sobre la base de las posiciones de la liga de la temporada anterior.
  • En los tres grupos de cuatro clubes, cada cuadro debió disputar seis juegos en total -tres de local y tres de visitante-.
  • En la zona de cinco conjuntos, se tomó la decisión de reducir fechas para que cada cuadro tuviera que jugar, como en los otros casos, seis partidos en total -tres de local y tres de visitante-. De otra manera, habrían sido ocho partidos los que hubiesen disputado -cuatro de local y cuatro de visitante-.
  • Para determinar el orden de clasificación de los equipos se utilizó el siguiente criterio:

1. Puntos obtenidos.

2. Diferencia de goles.

3. Goles a favor.

4. Sorteo.

Los cuatro ganadores de grupo junto con los tres mejores segundos avanzaron a la fase final del torneo.

• Fase final: se llevó a cabo entre los siete clubes provenientes de la primera fase junto con Gamba Osaka.
  • El sorteo estuvo determinado de manera pública para cada uno de los cuartos de final y las semifinales.
  • En cuartos de final y semifinales se enfrentaron en serie de dos partidos, a ida y vuelta. En caso de igualdad en el total de goles, se aplicaría la regla del gol de visitante y si aún persistía el empate se realizaría una prórroga, en donde ya no tendrían valor los goles fuera de casa. De continuar la igualdad en el marcador global, se realizaría una tanda de penales.
  • La final se jugó a un solo partido. En caso de empate en los 90 minutos se haría una prórroga; si aún persistía la igualdad se ejecutaría una tanda de penales.

Entre los equipos que finalizaron en el segundo lugar de sus respectivos grupos, los tres mejores avanzaron a cuartos de final.

• En cuartos de final y semifinales, el equipo de arriba es el que ejerció la localía en el partido de vuelta.
• Los horarios de los partidos corresponden al huso horario de Japón: (UTC+9)

El Premio Nuevo Héroe es entregado al mejor jugador del torneo menor de 23 años.

• Asociación de Fútbol de Japón
• J. League Division 1 2006
• Copa del Emperador 2006

• Copa Yamazaki Nabisco J. League 2006: Sistema de juego (en japonés)
• Copa J. League 2006 en Rec.Sport.Soccer Statistics Foundation (en inglés)