La Copa AUF Uruguay se disputa en sistema de eliminación directa por 58 equipos: los 16 de Primera División, los 14 de Segunda División, 8 de la Primera División Amateur, campeón y vicecampeón de la Divisional D de la Asociación Uruguaya de Fútbol y los equipos del interior clasificados a través de la Copa Nacional de Clubes de la Organización del Fútbol del Interior (18).^[10]​ A partir de la edición de 2025, el campeón clasificará a la siguiente temporada de la Copa Libertadores.

Existen pocos antecedentes de torneos que involucraran a equipos de Primera División en conjunto con equipos de otras categorías. El primero de ellos fue la disputa del Torneo de Copa Alfredo Lois de 1969, que incluyó a los clubes de Primera División y algunos incorporados de Primera "B".^[6]​^[7]​^[8]​ Posteriormente, en 1973, se disputó el Torneo Ciudad de Montevideo que incluyó a todos los equipos de Primera A y B, siendo el único antecedente en ese sentido.

Por su parte el primer antecedente de equipos de OFI compitiendo en torneos de AUF fue en la Liga Mayor, disputada de forma paralela al Campeonato Uruguayo. Esta copa tuvo en casi todas sus ediciones equipos únicamente de la Primera División, pero en su última competición incorporó algunos equipos de OFI y de la Segunda División. En esta competición los puntajes se acumulaban al Campeonato Uruguayo para definir la clasificación a las copas internacionales.

Posteriormente y en otro nivel, hubo torneos integradores que también servían como clasificatorios a la Liguilla Pre-Libertadores: los Campeonato Integración de 1993 y 1994, y el Torneo Nacional de 1996; así como la propia Liguilla que en sus ediciones de 1995 y 1997 incluyó clubes de OFI invitados directamente.^[9]​ Además, el Campeonato Nacional General Artigas también sumó a algunas selecciones del interior del país con los clubes de la Primera División de AUF.

Desde 2019 los equipos uruguayos estaban en conversaciones para volver a generar un torneo interdivisional, que reúna a equipos de todas las divisionales del fútbol uruguayo, de forma similar a lo que ocurre en otros países.^[5]​

La primera edición la ganó Defensor Sporting, con un gol agónico ante La Luz, llevándose así el premio de USD 100.000. Esta edición se vio marcada por momentos históricos, como la eliminación de Nacional y Peñarol a manos de Rampla Juniors y La Luz Fútbol Club, clubes de la Segunda División de Uruguay.

En la edición de 2023 Defensor Sporting repitió el título, tras ganarle por penales la final a Montevideo City Torque. En esta edición el premio fue de USD 120.000 para utilizar en infraestructura, mientras que Sportivo Barracas, el mejor club OFI, se llevó USD 50.000.

En 2024 el violeta logra el tricampeonato, esta vez venciendo a Nacional en la final, nuevamente por penales. El premio fue de USD 150.000 para utilizar en infraestructura.

• Primer partido en la historia del torneo: Tacuarembó 5–1 Cooper (22 de junio de 2022).
• Primer gol en la historia del torneo:   Douglas Jardel, para   Tacuarembó vs.   Cooper (22 de junio de 2022).
• Mayor número de goles marcados en un partido: (9)   Montevideo City Torque 8 - 1 Sportivo Barracas (11 de marzo de 2024).
• Mayor victoria local: (8-1)   Montevideo City Torque vs. Sportivo Barracas (11 de marzo de 2024).
• Mayor victoria visitante: (0-7)   Potencia vs.   La Luz (27 de julio de 2022).

• Actualizado hasta la edición de 2024.

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