Tras la instalación de la Corte en Madrid, Felipe III decidió fundar un convento de franciscanos descalzos o gilitos. Para ello eligió la parroquia de San Gil, que sustituyó a la iglesia de San Miguel de la Sagra, por ser la parroquia de palacio y estar próxima al Alcázar y se encargó la obra al arquitecto Juan Gómez de Mora.^[1]​ El convento albergó el corazón y las vísceras de Luis I de España, en aplicación del Mos Teutonicus, y como fue tradicional para otros miembros de la realeza española^[2]​ desde a llegada al trono de Felipe V que importó esta costumbre.^[3]​

El convento fue derribado durante la invasión francesa debido a la exclaustración ordenada por José Bonaparte y desapareció casi por completo con la creación de la Plaza de Oriente.

Hasta ese momento, fue la sede de la Orden de Carlos III. Actualmente se pueden contemplar parte de los techos abovedados en el Café de Oriente, cuyo restaurante se asienta sobre los restos.

• Capilla de la Cuadra de San Isidro

1. ↑ Quintana, Jerónimo de; Valdivielso, José de (1629). «Capítulo XLIX. Parroquias de S. Miguel de Sagra y San Gil Abad». A la muy antigua, noble y coronada villa de Madrid: historia de su antiguedad, nobleza y grandeza . Imprenta del Reyno. Consultado el 31 de diciembre de 2021. 
2. ↑ Núñez Boluda, Luis (2022). Luis I, un reinado breve y un debate constitucional (Tesis de grado de Doctor). Universidad Complutense de Madrid. p. 281. 
3. ↑ Rodríguez Moya, Inmaculada (2012). «Ritual y representación de la muerte del rey en la monarquía hispánica.». POTESTAS. REVISTA DEL GRUPO EUROPEO DE INVESTIGACIÓN HISTÓRICA. RELIGIÓN, PODER Y MONARQUÍA. (5): 155-192. doi:10.6035/potestas.2012.5.7. Consultado el 13 de enero de 2024.