En 1608 fue fundado el convento por el padre basilio Miguel de Pozo.^{[Nota 1]}​^[1]​^[2]​ El convento se fundó extramuros de la corte a media legua de la misma en las cercanías del arroyo Abroñigal, entre este y el monasterio de San Jerónimo el Real. La fundación fue favorecida por el ordinario del lugar, el arzobispo de Toledo, don Bernardo de Sandoval.

Tres años después el convento se traslada al centro de la villa, en concreto a la calle del Desengaño también llamada anteriormente de los Basilios.^[3]​

El momento de mayor esplendor del monasterio se produce en 1647 tras adquirir el patronato del mismo el marqués de Leganés, siendo este virrey de Cataluña. Fruto de este patronato el convento fue reconstruido, en 1654 se produce la reconstrucción de la iglesia bajo trazas de Juan Ruiz.

En 1836 el convento de extinguió como resultado de la Desamortización de Mendizábal. Los edificios del mismo se destinarían a diversos usos, siendo demolidos en 1850. En el lugar del convento se construirían viviendas y se abriría la calle Muñoz Torrero.

La iglesia del convento contaba con un retablo barroco, de estilo churrigueresco según describe Ponz. A juzgar por la opinión de este el convento no contaba con obras de arte notable, salvo un San Basilio al óleo que colgaba en su sacristía. Además en la iglesia se veneraba una imagen de Nuestra Señora del Destierro.

1. ↑ El Santísimo Sacramento fue colocado el 9 de diciembre de 1608, con lo que el primer convento debía de estar acabado por entonces.

1. ↑ Álvarez de la Fuente, Jose (1732). T. Rodriguez Frias, ed. Diario historico, politico-canonico y moral. p. 171. Consultado el 15 de julio de 2021. 
2. ↑ Quintana, 1629, p. 434
3. ↑ Mesonero Romanos, Ramón de (1861). «XX. Portaceli y Maravillas». En F. de P. Mellado, ed. El Antiguo Madrid: paseos histórico-anecdóticos por las calles y casas de esta villa. Madrid. p. 290. Consultado el 15 de julio de 2021. 

• Balaguer, Víctor (1851). «Convento de San Basilio (Madrid) III. Los basilios en España». En Llorens Hermanos, ed. Los frailes y sus conventos: su historia, su descripción, sus tradiciones, sus costumbres, su importancia II. Madrid, Barcelona. pp. 537-538. 
• Ponz, Antonio (1776). «Quinta división. Entre la calle Mayor, la Ancha de S. Bernardo, la de Foncarral, Red de S. Luis, y Puerta del Sol. Iglesia de Monges de S. Basilio». En Joaquín Ibarra, ed. Viage de España, ó, Cartas en que se dá noticia de las cosas mas apreciables y dignas de saberse que hay en ella V. Madrid. p. 246. Consultado el 10 de julio de 2021. 
• Quintana, Jerónimo de (1629). «Capítulo CV». A la muy antigua, noble y coronada villa de Madrid. Historia de su antiguedad, nobleza y grandeza. Por el licenciado Geronimo de Quintana .. Madrid: Imprenta del reyno. pp. 434-435. Consultado el 15 de julio de 2021.