C. brachybuccalis era de tamaño pequeño, se diferenciaba de todos los demás crocodiliformes en tener un hocico extremadamente corto y ancho, con dentición reducida pero con dos pares de caniniformes. ^[3]​ La morfología del cráneo lo convierte en un cocodriliforme inusual.

C. brachybuccalis fue descripto y nominado por Bonaparte en 1991, para el cual creo la familia monotípica Comahuesuchidae dentro de Notosuchia, y este como infraorden de Protosuchia. Sereno et al. (2003), en su análisis filogenético recuperaron Comahuesuchus dentro de un clado monofilético Notosuchia. ^[3]​ El análisis filogenético realizado por Martinelli (2003) ubica a C. brachybuccalis dentro del clado de los notosuchios, representado por Malawisuchus mwakasyungutiensis y Chimaerasuchus paradoxus del Cretácico Temprano de África y China, y Notosuchus terrestris y Sphagesaurus huenei del Cretácico Tardío de América del Sur. ^[4]​ Sereno et al. (2003) sugirieron que Comahuesuchus y Anatosuchus minor, un género de cocodrilo notosuquio descubierto en Africa, eran ambos comahuesúquidos, pero el análisis realizado por Martinelli y Andrade et al. (2006) sugiere que A. minor no es un comahuesúquido. Comahuesuchus parece, en cambio, estar más cercanamente relacionado con Mariliasuchus amarali, un notosuquio poco conocido del Cretácico Superior del Sudeste de Brasil. ^[5]​

• Andrade, M.B.; Bertini, R. J. ; Pinheiro, A. E. P. (2006). Observations on the palate and choanae structures in Mesoeucrocodylia (Archosauria, Crocodylomorpha): phylogenetic implications. Revista Brasileira de Paleontologia, Sociedade Brasileira de Paleontologia 9 (3): 323-332.
• Sereno, P. C., Sidor, C. A., Larsson, H. C. E., and Gado, B. (2003). A new notosuchian from the Early Cretaceous of Niger. Journal of Vertebrate Paleontology 23 (2): 477-482.

• Andrade et al. (2006)
• Sereno et al. (2003) Archivado el 3 de marzo de 2016 en Wayback Machine.
• The Paleobiology Database

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