El origen de la institución se encuentra en la supresión de la conocida como orden de los Umiliati por Pío V mediante bula de fecha 7 de abril de 1571. Ciertos bienes de esta orden, incluyendo la iglesia de Santa Maria in Brera fueron dados a los jesuitas (que ya contaban con una casa profesa en la ciudad). Estos decidieron fundar un colegio que sirviera como gran centro educativo de la orden en la ciudad. El edificio fue encargado a Martino Bassi que comenzó las obras en 1591.^[1]​

Entre 1619 y 1651 el colegio fue restructurado por Francesco Maria Ricchini.

En sus casi dos siglos de historia se convirtió en el colegio de la élite de la ciudad.^[2]​

El colegio cerró sus puertas en 1773, tras la supresión de la Compañía de Jesús. Sus locales fueron destinados a servir de biblioteca pública^[3]​ y lugar de reunión de la Academia de Bellas Artes fundada en 1776 que acabaría conociéndose como Academia de Brera.

El templo del colegio se encontraba en la hoy conocida como piazzetta di Brera. El templo se disponía en un eje aproximado este-oeste, situándose al este su cabecera. El templo era de estilo gótico lombardo y había sido construido antes del siglo XIV. En 1346 se encargó a Giovanni di Balduccio la realización de una nueva fachada en estilo gótico lombardo.

Al norte del templo se disponía el edificio del colegio propiamente dicho, en estilo barroco. Contaba con un patio principal porticado con arcos de medio punto sostenidos por columnas pareadas. De acuerdo con B. Bianco este patio sirvió como ejemplo para el del colegio de la Compañía en Génova.^[1]​

Al este de este patio y de la cabecera del templo se encontraban más edificios del colegio, que incluían en su esquina noreste un célebre observatorio astronómico.

1. ↑ ^{a b} Bösel, Richard (2012). «Episodi emergenti dell'architetture gesuitica in Italia». La arquitectura jesuítica: Actas del Simposio Internacional, Zaragoza, 9, 10 y 11 de diciembre de 2010, 2012, ISBN 978-84-9911-158-2, págs. 71-89 (Instituto "Fernando El Católico"): 71-89. ISBN 978-84-9911-158-2. Consultado el 31 de mayo de 2025. 
2. ↑ D'Amico, S. (25 de septiembre de 2012). Spanish Milan: A City within the Empire, 1535-1706 (en inglés). Springer. ISBN 978-1-137-30937-2. Consultado el 29 de mayo de 2025. 
3. ↑ Ottino, Giuseppe (1889). «Biblioteca delle singole». Bibliotheca Bibliographica Italica. (en italiano) (Akademische Druck- Und Verlagsanstalt): 285. Consultado el 29 de mayo de 2025. 

• Latuada, Serviliano (1738). «Num. 219. Santa Maria in Brera. Collegio de'Padri della Compagnia di Gesú.». Descrizione di Milano ornata con molti disegni in rame (etc.) (en italiano) V. Milán: Cairoli. pp. 260-269. Consultado el 27 de mayo de 2025.