Fue fundado en el 1534 por iniciativa del maestro Berenguer de San Vicente, quien quería usar sus propios bienes para permitir la escolarización de estudiantes de pocos recursos y contribuir al prestigio de la Universidad, algo que se terminó consiguiente tras diversas complicaciones tras el respaldo que recibió del abad cisterciense Diego de Pujol de Santa María la Mayor de Mallorca, quien en 1532 cedió una hacienda sita en Huesca que había heredado de una hermana suya y cuyo valor ascendía a quinientos ducados.

Poco después el propio municipio también decidió apoyar la fundación al solicitar a Carlos I en las Cortes de Monzón de 1533 la supresión del priorato de San Pedro el Viejo para destinar sus rentas a la nueva fundación, acto que se aprobó fundándose oficialmente el colegio el veinticuatro de marzo del 1534 y siendo declarado su primer rector el padre Berenguer así como sus patrones y protectores tanto el rey Carlos I, y sus sucesores en el Reino de Aragón, el obispo de Huesca junto a su cabildo, la Inquisición del reino, el Justicia y el barón de Ayerbe. Finalmente la propia Universidad aprobó la fundación del colegio el doce de diciembre de ese mismo año, seguidas por confirmaciones imperiales y papales a lo largo del 1535 que les permitieron librarse de pagar impuestos como la sisa y tener una capilla propia.

Debido a la supresión del priorato de San Pedro el Viejo y su traslado de las rentas al propio colegio, este pasó a ejercer la jurisdicción civil y criminal en los pueblos de Bentué, Santa Cilia y Velillas a través de alcaldes mientras que en las pardinas de San Úrbez y Orlato lo hacía a través de regidores, obteniendo de sus iglesias tanto las primicias como los diezmos, los cuales también obtenía de Panzano, Morrano, Bastarás y Yaso.

El rector Berenguer dejó establecido en las ordenanzas del mismo en el 1538 que debía de contar con trece colegiados, imitando el número de los doce apóstoles más Jesús de Nazaret, los cuales debían de ser naturales del reino de Aragón con preferencia de ser nacidos en la ciudad, al menos bachilleres y estando repartidos en dos de teología, diez de leyes o cánones y el último sería un médico aunque posteriormente se eliminó esta especialidad y se permitió el acceso a aquellos nacidos fuera de Aragón, siendo nominados desde el 1576 de forma alternativa por el rector y la ciudad y elegidos por cuatro votos repartidos entre los patronos.

Igualmente en el 1538 el rector Berenguer reorganizó a los patronos de la institución, dejando fuera al obispado y cabildo oscense, así como al barón de Ayerbe y los Inquisidores, a quienes posteriormente Carlos I los nombraría visitadores del mismo y terminarían teniendo una influencia considerable dentro del mismo y que a su vez llevaría a conflictos tanto con el concejo de la ciudad así como con otros colegios.

A pesar de contar con la considerable masa económica que había pertenecido al priorato de San Juan el Viejo y que ahora controlaba el colegio este aún no se encontraba funcionando en el 1543, momento de la muerte de Berenguer ya que ni siquiera se había iniciado la construcción del edificio por parte del Concejo de la ciudad.

A lo largo del siglo XVII es cuando el colegio obtuvo su posición fuerte dentro del entorno de la Universidad, sobre todo debido a que estos se encontraban fuera de la jurisdicción del maestrescuela y dentro del de la Inquisición, algo que causó varios pleitos hasta bien entrada la mitad del siglo, periodo en el cual fue objeto de la protección real, tanto de Felipe IV, Carlos II y Mariana de Austria.

A pesar de la protección y patronato real la relación con la población oscense era bastante mala, prueba de ello es que en el 1643 la población intentó quemar la puerta del edificio debido a los problemas que sus estudiantes causaban al recurrir a la Inquisición en los roces que tenían con la población local, llegándose incluso a solicitar su traslado a otra población en el 1700. A pesar de que tuviera un puesto de prestigio su posición económica llegó a ser insuficiente en varias ocasiones llegando a requerirse varias veces limitar el número de colegiados y familiares que este podía sustentar, al igual que se limitó la cantidad monetaria que se podía dispensar a estos a cincuenta reales.

La causa de esto además de la pérdida de poder económico generalizado dentro de la población altoaragonesa podría haber sido tanto el abuso de la estancia como la malversación de fondos tal y como describe un licenciado de la población en el 1650, ya que a pesar de haberse fundado con la intención de sustentar a estudiantes pobres, el centro destacó por su elevado elitismo.

En el 1721 la Universidad Sertoriana sufrió una serie de reformas que también afectaron al colegio, siendo en su caso la redacción de unas nuevas constituciones para la entidad por parte de Blas de Torrejón, quien limitó a ocho colegiados con un límite de gasto de cien reales cada opositor, aunque abría la posibilidad de que si la situación económica del centro lo permitiese este número aumentase bajo la previa aprobación de una persona designada por el rey.

Otro aspecto de este periodo fue la pérdida del monopolio del favor real como institución de este tipo dentro de Huesca ya que en el 1697 el Colegio de San Vicente se convirtió en Real tras recibir la protección de Carlos II, teniendo además una mejor relación con el Concejo de la ciudad y la población, aunque no sería hasta el 1742 que no conseguiría el mismo nivel de trato y honores que el de Santiago. A pesar de esto ambos colegios mantuvieron una posición de prestigio, manteniéndose a menudo los jacobinos dentro de las cátedras de leyes y los de San Vicente en las de cánones.

El inicio del siglo estuvo marcado por la merma de sus recursos debido a la Guerra de Independencia, si bien una vez finalizó esta inició un periodo de recuperación una vez se inició el Trienio Liberal volvió a pasar serias dificultades económicas, llegando al punto de contar solamente con un solo colegiado en esta última parte debido a la perdida de los derechos originados en el Antiguo Régimen que con su crisis hicieron cada vez más difícil obtener dichas rentas hasta que los diezmos fueron finalmente abolidos en el 1837. Como institución estuvo vigente hasta 1842, cuando la implementación del sistema educativo liberal causó que junto con el colegio de Santiago cerrasen los de San Vicente y Santa Orosia por falta de colegiados, por lo que sus bienes fueron incorporados al patrimonio de la Universidad Sertoriana que tampoco contaba con un futuro próspero ya que cerró en el 1845.

Poco después de su cierre en el 1846 el inmueble fue usado como lugar de depósito de los bienes destinados a la creación del primitivo Museo Provincial de Huesca que la Comisión Provincial de Monumentos liderada por Valentín Carderera había conseguido, siendo la primera sede del mismo hasta el 1967, cuando se instaló definitivamente en el antiguo edificio de la Universidad Seroriana. ^[1]​

A pesar de su fundación en el 1533 el edificio actual se trata de una obra renacentista del 1610 del arquitecto Antonio Mendizábal, quien también terminó las Casas Consistoriales.^[2]​

Cuenta con una estrecha fachada con una galería superior que forma un ángulo, mientras que la puerta central se encuentra bajo un vano adintelado con jambas y dintel decorados con motivos geométricos enmarcados por una pareja de columnas estriadas que se sostienen sobre unos plintos y sobre las cuales se encuentra un entablamento sobre el cual se encuentra un frontón partido por en medio por un escudo flanqueado por pirámides rematadas por esferas. A su vez sobre el mismo se abre un balcón de fondo aconchado, por su vinculación jacobea, y de ventanas adinteladas.

En un principio su patio era estrecho y rectangular, dividido en tres zonas por dos hileras de tres arcos que se sostenían en unos pilares ricamente decorados en yesería con relieve aunque actualmente solamente se conserva una sola hilera de arcos.^[3]​

Al fondo se abre una escalera con el escudo imperial de Carlos I cubierta bajo una bóveda de lunetos en cuya parte central de su intersección se observa un pinjante del que cuelga un águila con las alas desplegadas.

En la parte trasera del edificio existe un torreón cuadrado datado en el siglo XVIII, habiendo aparecido en su última planta la decoración original de una techumbre compuesta de florones y una gran pintura al óleo alegórica de una gran sala rectangular que probablemente fue la residencia del rector, aunque antiguamente contó con otras muchas dependencias, incluyendo una biblioteca y archivo.^[4]​

Se trata de una capilla de pequeño tamaño ubicada en el extremo del patio con un retablo que representa a Santiago Matamoros y cuyo techo presenta una decoración compuesta por el escudo de la institución acompañada de elementos jacobeos e imperiales.

1. ↑ Según el Padre Huesca había sido fundado en el 1587.

1. ↑ «Historia del museo». Museo de Huesca. Consultado el 24 de agosto de 2025. 
2. ↑ Aragón, Gobierno de (29 de marzo de 2022). «La sede del Ayuntamiento de Huesca, declarada Bien de Interés Cultural». Patrimonio Cultural de Aragón. Consultado el 24 de agosto de 2025. 
3. ↑ «Colegio de Santiago - Huesca». Colegio de Santiago - Huesca - SIPCA. Consultado el 24 de agosto de 2025. 
4. ↑ «Tres altoaragoneses en la Real Capilla - IEA / Diputación Provincial de Huesca - dphuesca.es». www.iea.es. Archivado desde el original el 20 de mayo de 2025. Consultado el 24 de agosto de 2025. 

• Lahoz Finestres, José María (1996). «El Colegio Imperial y Mayor de Santiago de la ciudad de Huesca (1534-1842)». Argensola (Huesca) (110): 97-123.