• Manuscritos latinos
  • Cod. 1-15000 (los presentes en la biblioteca desde su fundación)
  • Cod. Ser. n. 1-50178 = Codices Series nova (nuevas adquisiciones, a partir de 1870).
• Cod. Armen. 1-34 = Codices Armeniaci (manuscritos armenios)
• Cod. Aethiop. 1-45 = Codices Aethiopici (manuscritos etíopes)
• Cim. Sin. 1-390 (gaps in the sequence of shelfmarks: Cim. Sin. 1-24, 163, 215, 384-390) = Cimelia Sinica (manuscritos chinos)
• Cod. Georg. 1-5 = Codices Georgici (manuscritos georgianos)
• Manuscritos griegos:
  • Cod. Jur. gr. 1-18 = Codices Juridici graeci (jurídicos)
  • Cod. Hist. gr. 1-130 = Codices Historici graeci (históricos)
  • Cod. Phil. Gr. 1-347 = Codices Philologici et Philosophici graeci (filológicos y filosóficos)
  • Cod. Suppl. gr. 1-201 = Codices Supplementum graecum (suplemento)
  • Cod. Theol. gr. 1-337 = Codices Theologici graeci (teológicos)
• Fragm. = Fragmenta (fragmentos)
• Cod. Hebr. 1-244 = Codices Hebraici (hebreos)
• India:
  • Cod. Ind. 1-171 = Codices Indici (lenguas de la India)
  • Cod. Sanskr. 1-33 = Codices Sanskritici (sánscrito)
• Cim. Jap. 3, 9, 18, 21, 51 = Cimelia Japonica (japoneses)
• Cod. Copt. 1-18 = Codices Coptici (coptos)
• Cod. Min. 1-143 = Codices Miniati (miniados -manuscritos iluminados-)
• Cod. Mexic. 1-12 = Codices Mexicani (mexicanos)
• Cod. Mongol. 1-2 = Codices Mongolici (mongoles)
• Orientales:
  • Cod. A. F. 1-557 = Alter Fond (fondo antiguo)
  • Cod. N. F. 1-479 = Neuer Fond (nuevo fondo)
  • Cod. Mixt. 1-1943 = Codices Mixti (de diversas procedencias)
  • Cod. H. O. 1-231 = Codices Historia Osmanica (historia otomana)
  • Cod. Gl. 1-250 = Códices de la Colección Glaser
• Cod. Slav. 1-236 (229-233 blank) = Codices Slavici (eslavos)
• Cod. Syr. 1-11 = Codices Syriaci (siríacos)

Entre los códices conservados en la Biblioteca Nacional de Viena hay un cierto número de manuscritos especialmente notables por distintas características, como su valor histórico, artístico o literario.

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  P. Vindob. número de inventario G 1
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  P. Vindob. número de inventario G 2315
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  Historia naturalis (manuscrito fechado en Roma en 1457), Cod. vindob. phil. gr. 64.
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  Codex Vindobonensis Mexicanus I.
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  Codex Vindobonensis B 11093.
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  Codex Vindobonensis, 1370-1400.
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  Codex Vindobonensis 8626.
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  Codex Vindobonensis 751.
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  Codex Vindobonensis, 1550.
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  Codex Vindobonensis 1064, con la Vita Sancti Severini ("vida de San Severino).
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  Pervigilium Veneris, Codex Sannazarii o Codex Vindobonensis 9401, con texto de Jacopo Sannazaro.

• Codex Vindobonensis 387, un compendio astronómico carolingio
• Codex Vindobonensis 751, una colección del siglo IX de la correspondencia de San Bonifacio
• Codex Vindobonensis 795, con cartas y tratados de Alcuino de York (siglo IX)
• Cod. Vindob. ser. nov. 2644, con el Tacuinum sanitatis.
• Codex Vindobonensis B 11093, un tratado de arte bélico del siglo XV
• Libros de horas

• Cod. Vindob. 1856, el Libro de horas negro de Galeazzo Maria Sforza
• Cod. Vindob. 1857, las Horas de María de Borgoña
• Cod. Vindob. 1897, las Horas de Jaime IV de Escocia
• Cod. Vindob. 1908, las Horas de María de Harcourt

• Códices con el Nuevo Testamento o evangeliarios latinos

• Codex Vindobonensis Lat. 502, siglo VII
• Codex Vindobonensis Lat. 1235, siglo VI

• Cod. Vindob. med. gr. 1, llamado "Dioscórides de Viena", Constantinopla, ca. 512.

Tres códices del tratado De anima ("Del alma"), de Aristóteles:

• Codex Vindobonensis Philos. 2
• Codex Vindobonensis Philos. 75
• Codex Vindobonensis Philos. 157

• Génesis de Viena o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 31, con dos hojas del Codex Petropolitanus Purpureus.

Un grupo de manuscritos minúsculos del Nuevo Testamento, numerados según Gregory-Aland:

• Minuscule 123, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 240
• Minuscule 124, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 188
• Minuscule 125, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 50
• Minuscule 218, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 23
• Minuscule 219, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 321
• Minuscule 220, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 337
• Minuscule 404, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 313
• Minuscule 421, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 210
• Minuscule 424, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 302
• Minuscule 425, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 221
• Minuscule 434, o Codex Vindobonensis Theol. Gr. 71

• Leccionario 45 o Codex Vindobonensis Jur. gr. 5, un leccionario del Nuevo Testamento (siglo X), numerado como 45 en Gregory-Aland.

Papiros:

• Pap. Vindobonensis gr. 2325 o "Fragmento Fayyum", un Evangelio apócrifo del siglo III

Papiros con el Nuevo Testamento:

• Papyrus 33 o Pap. Vindobonensis gr. 17973
• Papyrus 34 o Pap. Vindobonensis gr. 39784
• Papyrus 41 o Pap. Vindobonensis K. 7377. 7384. 7386. 7426. 7541-7548. 7731. 7912. 7914
• Papyrus 42 o Pap. Vindobonensis K. 8706, griego-copto
• Papyrus 45 o Pap. Vindobonensis G. 31974
• Papyrus 116 o Pap. Vindobonensis gr. 42417

• Minuscule 3, también conocido como Codex Vindobonensis Suppl. gr. 52, un minúsculo manuscrito del Nuevo Testamento, designado como número 3 en la numeración Gregory-Aland

• Codex Vindobonensis Mexicanus I, también conocido como Codex C, siglo XIV

• Web oficial