El Club Deportivo Universitario se fundó gracias a la iniciativa de docentes y estudiantes de la Universidad Autónoma del Beni José Ballivián con el propósito de fomentar la práctica del fútbol en Trinidad.

En 1976 participó junto a 20 de Agosto en el campeonato nacional del país.

En 1993 participó en la Primera División, en reemplazo de Real Beni, convirtiéndose en el tercer equipo beniano en ser participé de la liga boliviana.^[1]​^[2]​

El debut del equipo trinitario se produjo el 25 de agosto al enfrentarse en el grupo "C" a Oriente Petrolero que se saldó con victoria cruceña por 0-5. Mientras que su primera victoria la obtuvo el 10 de octubre ante Blooming por 1-0.

En la clasificación obtuvo cinco puntos y descendió en la liguilla del descenso a 1 punto de Metalsán.

El equipo contaba con algunos jugadores experimentados como Jesús Reynaldo, Herlin Paz y el brasileño Carlindo Tome que fue el artillero del equipo con 7 goles.

La relación de partidos disputados en la liga es la siguiente:

Luego del descenso el club se mantuvo jugando en la Asociación Beniana de Fútbol, clasificándose constantemente a la Copa Simón Bolívar en busca del ascenso y de la que fue subcampeón en la edición 2015-16 ante Guabirá.^[3]​

El equipo de la Universidad del Beni disputa sus encuentros en condición de local en el Estadio José Lorgio Zambrano, conocido popularmente como "Yoyo" el cual posee capacidad alrededor de 8 000 espectadores y reglamentariamente es el segundo estadio más grande de Trinidad.

Se encuentra en la Zona Fátima ubicado en la calle Carmelo López y avenida Mariscal Antonio José de Sucre. Lleva su nombre en honor al Dr. José Lorgio Zambrano Ibáñez, expresidente de la Asociación Beniana de Fútbol e impulsor de su creación.

Su inauguración se produjo en 1971

• Temporadas en Primera División: 1 (1993).
• Debut en Primera División: 25 de agosto de 1993, Universitario 0 - 5 Oriente Petrolero.

• Universidad Autónoma del Beni