Su participación en el fútbol comenzó inicialmente en los campeonatos entre instituciones educativas del Callao y de Lima. Luego comenzó a jugar encuentros con clubes del Callao como: Unión Callao, KDT Nacional, José Gálvez, English Comercial School, Club Bolívar, Atlético Grau N°1, Sport Dinámico, Atlético Grau No.2, National F.B.C., Atlético Chalaco, 2 de Mayo entre otros equipos.

Participó pocas temporadas en la Liga Peruana de Fútbol, en la División Distrital del Callao y posteriormente en la Tercera División Provincial de Lima y Callao. Finalmente el club Leoncio Prado, desistió en seguir participando.

El Colegio Militar Leoncio Prado y su equipo de fútbol se encuentra desafiliado de la Federación Peruana de Fútbol. Sin embargo, participa en torneos de fútbol, organizados entre universidades e instituciones privadas, públicas y instituciones castrenses del Perú. Además de otras disciplinas como basketball, fulbito, futsal, fútbol 7, etc. A su vez, en campeonatos de fútbol máster entre colegios y instituciones militares peruanas.

Desde el 2015 a la fecha, las divisiones de menores de la Universidad de San Martín de Porres, entrenan en las instalaciones de Colegio Militar Leoncio Prado, gracias al convenio realizado entre ambas instituciones. A su vez, por varios años, el complejo deportivo de la institución, es utilizado como sede de la Liga Distrital de Bellavista-La Perla y los torneos de Interligas Chalacas de la Copa Perú.

El club se afilió y participó al torneo organizado por el Gobierno Regional del Callao, la Copa IEFA.

Evolución Indumentaria.

• Para 1928 el sistema del campeonato peruano estaba conformado por la Primera Div., Div. Intermedia (Lima y Callao) y Segunda Div. (Callao, Rimac, Lima y Balnearios).
• Para 1929 se cambió el formato a Primera A, Primera B (Lima y Callao), Div. Intermedia (Lima y Callao) y Segunda Div. (Callao, Rimac, Lima y Balnearios)
• Para 1930 cambió a Primera Div., Div. Intermedia (Lima y Callao), Segunda Div.(Lima y Callao) y Tercera División (Callao, Rimac, Lima y Balnearios) respectivamente.
• Existió otro club chalaco denominado Leoncio Prado, fundado en 1904. Este club tenía una organización diferente al primero.

• Colegio Leoncio Prado.
• Convenio Leoncio Prado - USMP Archivado el 17 de octubre de 2018 en Wayback Machine..
• Departamental del Callao 2015.
• Torneo de Fúlbito de Colegios Militares 2016.
• Equipo Principal - Copa IEFA (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última)..
• Camiseta Tradicional.