El Club Deportivo Villegas se fundó en 1974, meses después de la creación del Torneo Villegas, gracias a la iniciativa de un grupo de aficionados vecinos de la calle Esteban Villegas y adyacentes, en el barrio de Madre de Dios, en la zona este de Logroño.^[1]​

Durante más de 20 años fue un club consagrado exclusivamente al fútbol base, creando en la temporada 1997-98 un equipo senior que comenzó en la Regional Preferente de La Rioja en el Grupo Rioja Baja. Con la creación del subgrupo riojano en Tercera División en la temporada 2004-05 el C. D. Villegas debutó en categorías nacionales.

Desde entonces ha sido un club habitual de la zona media-baja del grupo XVI de tercera, incluyendo algunos periodos breves en regional.

• Primera equipación: Camiseta roja, pantalón blanco y medias blancas.
• Segunda equipación: Camiseta naranja, pantalón y medias azules.
• Tercera equipación: Camiseta azul, pantalón blanco y medias azules.

El C. D. Villegas disputa sus partidos en el campo de La Ribera, reformado a finales de 2004, cuya capacidad es de 800 espectadores. Las categorías inferiores se reparten entre este campo y el Colegio Obispo Blanco.^[2]​

El C. D. Villegas es conocido en La Rioja por su estructura de futbol base que incluye equipos en todas las categorías de formación.

En 1974, meses antes de la fundación del C. D. Villegas, se creó el Torneo Villegas para jugadores de la etapa alevín. Actualmente, el torneo es disputado por jugadores de la etapa benjamín. Su sede ha ido modificándose desde el Colegio Gonzalo de Berceo, Colegio Madre de Dios, Escolapios, Antiguo pabellón de Lobete y pabellón de Las Gaunas hasta el actual pabellón de Lobete.

Durante la existencia del torneo han pasado equipos como el Real Madrid C. F., Real Sociedad de Fútbol, Real Sporting de Gijón y Club Atlético Osasuna. Además de jugadores de Primera División como Iker Muniain, José Ángel y José Ignacio.^[3]​

Nota: en negrita competiciones vigentes en la actualidad.

• Temporadas en Primera División: 0
• Temporadas en Segunda División: 0
• Temporadas en Segunda División B: 0
• Temporadas en Tercera División: 13
• Mejor puesto en la liga: 13.º en Tercera División de España (temporada 2008-09)

LEYENDA   :Ascenso de categoría   :Descenso de categoría

• Sitio web oficial
• C. D. Villegas en la Federación Riojana de Fútbol
• Club Deportivo Villegas en X (antes Twitter)
• Club Deportivo Villegas en Instagram
• C. D. Villegas en futbol-regional.es