En el año 2013 el club clasificó a la Etapa Regional de la Copa Perú como campeón departamental de Piura,^[2]​ siendo eliminado en semifinales regionales por Willy Serrato de Lambayeque por marcador global de 5-3.^[3]​

En la Copa Perú 2014 La Bocana clasificó a la Etapa Regional otra vez como campeón departamental de Piura,^[2]​ y en semifinales de la etapa regional derrotó a Defensor Bolívar de Tumbes por el marcador de 1-5,^[4]​ el global quedó así porque no se jugó el partido de vuelta, con ese resultado clasificó a la Etapa Nacional.

En octavos de final se enfrentó a Sport Rosario al cual le ganó por el marcador global de 3-1,^[5]​ mientras que en cuartos de final se enfrentó a Cristal Tumbes y lo derrotó por el marcador global de 4-1.^[5]​ En semifinales le tocó jugar contra Sport Loreto de Pucallpa y cayó por el marcador de 6-7 y así terminó su campaña en el año 2014.^[6]​

En la Copa Perú 2015 Defensor La Bocana con el nuevo sistema en el que se eliminó la Etapa Regional, clasificó a la Etapa Nacional, que consistía en una liguilla de 50 equipos de 25 departamentos diferentes que disputaban 6 jornadas cada uno, La Bocana clasificó como campeón departamental de Piura.^[2]​ En la liguilla terminó en el vigésimo lugar (ganó 3 partidos, empató 1 y perdió 2) clasificando a los play-off's de la Etapa Nacional.^[7]​

En esta instancia enfrentó a Deportivo Delusa de Áncash, al cual derrotó por el global de 5-3.^[7]​ En octavos de final enfrentó a Coronel Bolognesi de Tacna y le ganó por el marcador global de 6-3,^[7]​ en cuartos de final eliminó a Deportivo Independiente Miraflores de Lima y le ganó por el global de 4-2,^[7]​ con ese resultado entró otra vez en semifinales. En el encuentro de ida disputado el 5 de diciembre derrotó por 9-0 a Alfredo Salinas en Sechura. En el partido de vuelta viajó con un equipo alterno, guardando los titulares para una posible final y cayó goleado pero igual pasó a la final.^[7]​

En la ida de la final frente a la Academia Deportiva Cantolao ganó por 2-0 en Sechura con tantos de George Arrieta e Isidro Arroyo en los minutos iniciales y en los minutos finales, respectivamente. La semana siguiente fue a Lima para jugar la vuelta, pese a caer por 3-2 les valió para coronarse campeones de la Copa Perú y lograr el boleto para jugar en la Primera División por primera vez en su historia.^[8]​

El equipo sechurano empezó el año renovando la confianza en el entrenador Javier Atoche y contrató algunos jugadores como Roberto Jiménez, Jean Tragodara, Enzo Borges, entre otros. Su debut en la Primera División se produjo en la ciudad de Chiclayo, frente al Juan Aurich y pese a mostrar un regular juego, cayó derrotado por marcador de 2-1.^[9]​ Tras cuatro jornadas sin obtener victorias, la dirigencia del club despidió al técnico Atoche y decidió contratar en su lugar a Miguel Miranda, quien llegó con dos refuerzos: Manuel Heredia (portero) y Lampros Kontogiannis (mediocampista).^[10]​ El debut de Miranda con el buzo sechurano fue frente al F. B. C. Melgar en la ciudad de Arequipa, donde sacó un empate por 2-2. Las dudas siguieron pero estas se esfumaron cuando el 4 de marzo, Defensor La Bocana obtuvo su primera victoria en la máxima categoría tras golear en Sechura a Deportivo Municipal por 4-1.^[11]​

En la Segunda División 2017 fue castigado con la pérdida de 14 puntos por deudas y acabó el torneo en el penúltimo lugar tras caer en la última fecha por 3-1 con Los Caimanes por lo que perdió la categoría.^[12]​ Debió jugar la Copa Perú 2018 desde la Etapa Departamental pero fue excluido del torneo por temas administrativos.^[13]​

En la Copa Perú 2019 llegó hasta la etapa departamental donde enfrentó en semifinales a Sport Estrella de Colán. Tras empatar 2-2 como local y 0-0 de visitante quedó eliminado por la regla del gol de visitante.

Tras dos años sin participar (2020 por pandemia), en la Copa Perú 2022 clasificó a la Etapa Nacional como subcampeón departamental detrás de Atlético Torino. Tras terminar en el puesto 19 de la tabla general de la primera fase, eliminó en las fases siguientes a Estudiantil CNI, Atlético Verdún y CESA para llegar al cuadrangular final. Allí terminó en tercer lugar luego de perder en la última fecha con Comerciantes Fútbol Club por lo que no pudo lograr el ascenso a Liga 2. Al año siguiente debió iniciar su participación desde la Etapa Departamental de Piura pero no tomó parte del torneo por deudas.^[14]​ Desde entonces no participa de torneos oficiales.

• Uniforme local: Camiseta, pantalón y medias celestes.
• Uniforme alternativo: Camiseta amarilla, pantalón y medias blancas.

• Temporadas en Primera División: 1 (2016)
• Temporadas en Segunda División: 1 (2017)
• Mayor goleada conseguida:
  • En campeonatos nacionales de local: Defensor La Bocana 13:2 Estrella Roja (26 de julio de 2015).^[15]​
  • En campeonatos nacionales de visita: Sporting Cristal 2:5 Defensor La Bocana (3 de noviembre del 2016)
• Mayor goleada recibida:
  • En campeonatos nacionales de local: Defensor La Bocana 1:6 Carlos A. Mannucci (2 de julio del 2017)
  • En campeonatos nacionales de visita: Alfredo Salinas 6:0 Defensor La Bocana (8 de diciembre de 2015).^[16]​

•   Javier Atoche (2013)
•   Mario Flores (2014)
•   Javier Atoche (2015)
•   Miguel Miranda (2016)
•   Edson Ojeda (2016)
•   Miguel Zahzú (2016)
•   Mario Flores (2017)
•   Carlos Vente (2017)
•   Johano Bermúdez (2017)
•   Reddy Hurtado Alvarado (2018)
•   Jorge Montero Lozada / Reddy Hurtado Alvarado (2018)
•   Javier Atoche (2019-2020)
•   Fidel Suárez (2022)
•   Álex Bartolo (2022)

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