Fundado en 1927. En 1995 consigue por primera vez ascender a Tercera División al ganar al Rapid de Murillo de La Rioja (2-1, 3-1) en la eliminatoria por el ascenso. Tras 3 temporadas pierde la categoría, llegando a descender posteriormente a Primera Regional de Navarra.

El club, formado mayormente por jugadores de la localidad, logra de nuevo volver a Tercera División en 2009/10 y en 2011/12 hasta la actualidad.

En 18 temporadas en Tercera División ha jugado 641 partidos (236 G , 186 E , 219 D).

Ha logrado 4 temporadas clasificarse para la fase de ascenso a 2aB/2RFEF (12/13, 16/17, 23/24 y 24/25), cayendo eliminado en primera ronda en las 3 primeras ante el Celta "B" (0-2, 2-0), el Villarrobledo (2-1, 3-0) y el Itaroa Huarte (1-0, 1-1). En la 24/25 logró llegar a la última eliminatoria por el ascenso a 2RFEF tras superar en la 1a eliminatoria al San Juan (1-1, 0-1) y en la final Regional a Peña Sport (2-0, 3-0); cayendo en la final nacional contra el Beasáin (0-2, 2-0).

En la temporada 2019/20 se proclamó campeón de la Copa Federación Navarra de Fútbol de Tercera División tras vencer 1-0 en la final al Itaroa Huarte en el estadio San Miguel de Olite. ^[1]​^[2]​^[3]​^[4]​^[5]​^[6]​^[7]​^[8]​

En la temporada 2023/2024 lográ su mejor clasificación en Tercera División al acabar la liga como subcampeón, logrando clasificarse para jugar la Copa del Rey 24/25 en la que se enfrentó al Granada Club de Fútbol (2-0).

• Temporadas en Tercera División: 18
• Mejor clasificación en Tercera División: 2º (2023/2024)
• Participaciones en Promociones a Segunda División B / Segunda RFEF: 4 (12/13,16/17,23/24,24/25)
• Participaciones en Copa del Rey: 1 (2024/2025 vs.Granada)
• Campeón de Copa Federación Navarra: 1 (2019)
• SubCampeón de Liga de Tercera División: 1 (2023/2024)

1.ª Equipación: Camiseta roja, pantalón negro y medias negras.
2.ª Equipación: Camiseta azul, pantalón blanco y medias azules.

Temporada 》Clasificación 》Puntos

95/96 》 15° 》 42

96/97 》 12° 》 53

97/98 》 20° 》 39

09/10 》 20° 》 23

11/12 》 17° 》 37

12/13 》 4° 》 66

13/14 》 7° 》 52

14/15 》 7° 》 57

15/16 》 5° 》 73

16/17 》 4° 》 64

17/18 》 9° 》 50

18/19 》 5° 》 62

19/20 》 12° 》 32

20/21 》 5° (Grupo B) 》 28

21/22 》 6° 》 48

22/23 》 9° 》 38

23/24 》 2° 》 60

24/25 》 4° 》 62

25/26 》

El club logró volver a la Tercera División, desde la Primera Regional, con el apoyo y animación del grupo "Ultra Red's" cuyo lema "Vuestro esfuerzo, nuestro orgullo" sigue presente y está grabado en la camiseta del equipo. Sus canciones animando al C. D. Cortes se oyeron durante años en el San Francisco Javier y en otros campos de Navarra, como el de Cárcar, Lerín o Valtierra, en momentos importantes como en las fases de ascenso desde 1°Regional hasta 3°División. Años después, en la temporada 24/25, volvieron a "tronar" sus cánticos en el SFJ en las eliminatorias por el ascenso a 2RFEF contra la P.Sport y contra el Beasáin, siendo en el estadio del equipo vasco donde dejaron muestra del sentir por su equipo y donde "tronaron" por última vez.

El C. D. Cortes cuenta con 100 socios.

• Web oficial del ayuntamiento de Cortes
• Web oficial CD Cortes