El 1 de abril de 2018, el estudio Kōenji Studio, que había sido responsable de la producción de animaciones como The Idolmaster Series, Saenai Heroine no Sodatekata, Shigatsu wa Kimi no Uso, Vividred Operation, Ano Hi Mita Hana no Namae wo Bokutachi wa Mada Shiranai y Kokoro ga Sakebitagatterunda, cambió su nombre a CloverWorks y comenzó a posicionarse como una marca.^[5]​^[6]​^[7]​ El 1 de octubre del mismo año, se estableció como una compañía independiente mediante una escisión parcial de A-1 Pictures,^[8]​ aunque todavía sigue siendo una filial de Aniplex.^[9]​ Ese día también es marcado como la fecha de fundación del estudio.^[2]​ Las producciones que Kōenji Studio había manejado, como The Idolmaster Series, Saenai Heroine no Sodatekata y la obra original Chō Heiwa Busters, continuaron siendo producidas bajo CloverWorks, con el mismo equipo de producción trasladándose a la nueva compañía.^[10]​^[11]​

La razón detrás de la escisión de la empresa se debió al crecimiento de la escala de A-1 Pictures. En ese momento, la compañía operaba principalmente con dos estudios, Kōenji Studio y Asagaya Studio. Sin embargo, a medida que aumentaba el número de producciones, la estructura de producción también comenzó a cambiar gradualmente. Como resultado de esto, comenzaron a manifestarse diferencias notables en las personalidades de los equipos y creadores, así como en los procesos de producción, a pesar de que todos pertenecían a la misma compañía. Para permitir que cada estudio pudiera funcionar de manera más autónoma y facilitar la comunicación creativa, se decidió escindir Kōenji Studio en una nueva entidad.^[12]​

El logo con el trébol de cuatro hojas tiene el siguiente significado: las tres primeras hojas representan a Aniplex, A-1 Pictures y CloverWorks, mientras que la última hoja simboliza a los espectadores.^[13]​

El 30 de mayo de 2022, Wit Studio, Aniplex y Shueisha realizaron una inversión conjunta para establecer una empresa de planificación y producción de animación llamada JOEN.^[14]​ El cargo de director ejecutivo fue asumido por Yūichi Fukushima, quien era director ejecutivo de CloverWorks, junto con Tetsuya Nakatake de Wit Studio.^[15]​

En noviembre de 2022, tras la salida del representante de A-1 Pictures, Akira Shimizu, quien fue uno de los fundadores de CloverWorks y su representante, asumió el cargo de presidente y director ejecutivo de A-1 Pictures.^[2]​

En la primavera de 2024, como parte de la expansión de su negocio, impulsada por la mejora de la colaboración entre departamentos y el fortalecimiento de la capacidad interna, la sede central se trasladó desde el edificio Shin Koenji Twin, en la calle Umezato 1-7-7, Suginami, a la planta 30 del edificio Nakano Sakaue Sunbright Twin, en la calle Honmachi 2-46-1, Nakano, Tokio, integrando todas las ubicaciones en una sola nueva sede central.^[16]​^[17]​

Todas las secciones y estructuras se han centralizado en la nueva sede en el edificio Nakano Sakaue Sunbright Twin. Los pisos 27 a 30 están destinados a los departamentos de negocios creativos (dirección, animación, acabado, arte y cinematografía), el departamento de producción (gestión de producción, guion, licencias) y el departamento de operaciones (marketing, merchandising). Además, en el noveno piso se encuentra la sede de Boundary, un estudio de CGI 3D, que también está dirigido por Akira Shimizu, quien ocupa el mismo cargo en esta empresa.^[18]​

La mayoría de las obras principales de producción son planificadas y producidas por la empresa matriz Aniplex. En la serie Spy × Family, se formó un comité de producción que incluía a empresas fuera de Aniplex, como Tōhō, marcando la primera vez que participaron en la inversión y producción de una obra tras la fundación de la compañía. A partir de los proyectos del periodo de abril de 2024 en adelante, incluso en las obras en las que Aniplex sigue siendo responsable de la planificación y producción, también empezaron a realizar inversiones y participar en el comité de producción. Akira Shimizu, el director, estuvo involucrado en la planificación, mientras que Yūichi Fukushima y Takamasa Inoue participaron como productores en la parte de la producción.

El Departamento de Negocios Creativos cuenta con las secciones necesarias para la producción de animación, incluyendo la "Sala de Dirección y Animación", la "Sala de Acabado", la "Sala de Arte" y la "Sala de Cinematografía". En cuanto a la producción de 3DCGI, en lugar de contar con un departamento interno, la empresa matriz, Aniplex, realiza toda la inversión, y el estudio de CGI 3D Boundary, dirigido por Akira Shimizu, quien también es el representante de CloverWorks, se encarga principalmente de esta área.^[19]​

El acabado (coloración), el arte de fondo y el procesamiento de cinematografía son principalmente manejados por el equipo interno de la empresa. Sin embargo, debido a que la compañía asume múltiples proyectos al año, algunos trabajos pueden externalizar estos procesos a estudios especializados en acabado, arte y cinematografía. En cuanto a la 3DCG, en muchos de los proyectos, la empresa relacionada Boundary se encarga de esta parte.

En cada sección, la empresa pone un gran énfasis en la formación de su personal. En la "Sala de Dirección y Animación", Yūichi Ōka, quien fue el diseñador de personajes y supervisor general de animación en Kimi no Suizō o Tabetai y To Love-Ru, actúa como supervisor de formación de animadores y guía a los jóvenes talentos. Desde Akebi-chan no Sailor-fuku, los animadores que recibieron su formación hicieron su debut como animadores clave.^[20]​ Además, en el episodio 37 de Spy × Family, que se emitió en 2023, la animación clave, supervisión de animación y revisión de videos fueron realizados únicamente por empleados de la empresa que fueron formados internamente, desde los primeros empleados hasta los más recientes, contratados en la primera fase de la compañía.^[21]​ También se lleva a cabo la formación de directores, con Nobuaki Wakabayashi a cargo de la formación en este área.^[22]​

Además del equipo interno de la sede central, la "Sala de Animación y Acabado Internacional de CloverWorks" también se encarga de algunas partes de los procesos de animación clave, vídeos y acabado.

En el pasado, la animación se realizaba principalmente de manera analógica, utilizando papel y lápiz. Sin embargo, en colaboración con A-1 Pictures, la empresa matriz Sony Music Entertainment y la plataforma de desarrollo de negocios del grupo Sony han estado promoviendo la implementación del software de producción de animación AnimeCanvas, desarrollado específicamente para la industria de la animación.^[23]​^[24]​

• Masaga Tanaka - (Asesor de la Sala de Dirección y Animación, Departamento de Negocios Creativos)
• Yūichi Ōka - (Supervisor de formación de animadores, Sala de Dirección y Animación, Departamento de Negocios Creativos)
• Nobu Wakabayashi - (Responsable de la formación de directores)
• Kazuko Nakajima - (Jefa de la Sala de Acabado, Departamento de Negocios Creativos)
• Hisayo Usui - (Jefa de la Sala de Arte, Departamento de Negocios Creativos)
• Yuya Sakuma - (Jefe de la Sala de Cinematografía, Departamento de Negocios Creativos)

El Departamento de Producción se encarga de la producción, la gestión del avance de la producción y, además, cuenta con un equipo denominado "Licensing Room", que se ocupa de la supervisión y corrección de diversos materiales como textos, libros, productos y ilustraciones. La supervisión general de la producción está a cargo de Akira Shimizu, presidente y director ejecutivo de la empresa. Los productores son Yūichi Fukushima y Takamasa Inoue. Además, la empresa cuenta con varios otros productores de animación, como Shōta Umehara, Shun'ichi Tsuji, Takumi Kabe, Taito Itō, Keisuke Yonezawa, Shō Someno y Yoshiki Haneda, quienes se encargan de múltiples series de anime y películas anuales en equipos dedicados.^[25]​^[26]​ También, dentro del equipo de producción, Rino Yamazaki, quien trabaja en la gestión de la producción, ha estado a cargo de la estructura de la serie y el guion en recientes obras como Akebi-chan no Sailor-fuku y UniteUp!. Además, otro miembro del equipo de producción, Honoka Katō, ha sido responsable del guion de varios episodios en Spy × Family y UniteUp!, demostrando el esfuerzo de la compañía en la formación de guionistas.^[25]​^[26]​

1. ↑ Director jefe (総監督), Director jefe^?)

• Esta obra contiene una traducción parcial derivada de «CloverWorks» de Wikipedia en japonés, concretamente de esta versión, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.
• Sitio web oficial (en japonés)
• CloverWorks en la enciclopedia Anime News Network (en inglés)