Las plantas siguientes le han sido dedicadas

• Thouinidium cyrilli-nelsonii J. Linares, Ceiba 50(1):18-20. 2010.
• Diplazium nelsonianum A. Rojas, Mét. Ecol. Sistem. 3 (Supl. 1):32. 2008.
• Justicia ciriloi T.F. Daniel, Contr. Univ. Michigan Herb. 24:74. 2005.
• Arachnothryx nelsonii Lorence, Novon 15(3):448. 2005.
• Cuphea cyrilli-nelsonii R. Zúñiga, Ceiba 35(1):63. 1994.
• Psychotria cyrilli-nelsonii Ant. Molina, Ceiba 30(1):65. 1981.
• Eupatorium cyrilli-nelsonii Ant. Molina, Ceiba 22(1):39. 1978.

La salamandra siguiente le ha sido dedicada

• Nototriton nelsoni Townsend, Zootaxa 4196(4):511-528. 24 Nov. 2016.

• Premio de Investigación Científica. Universidad Nacional Autónoma de Honduras, 2007.
• Dedicación del Herbario "Cyril Hardy Nelson Sutherland" de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, 8 de diciembre de 2005.
• Profesor Emérito de la Escuela Superior del Profesorado "Francisco Morazán" (Universidad Pedagógica Nacional), 15 de diciembre de 1987.
• Premio Nacional de Ciencias "José Cecilio del Valle" del Gobierno de Honduras, 22 de noviembre de 1987.
• Doctor honoris causa por la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, 17 de octubre de 1985.

• "Adiciones y comentarios a la flora de Honduras". Ceiba 51(2):70-88. 2010.
• "Catálogo de las plantas vasculares de Honduras. Espermatofitas". Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente. Editorial Guaymuras. 2008.
• "Nombres de botánicos que han descrito plantas originales de Honduras". Ceiba 43(2):211-266. 2002[2003].
• "Plantas descritas originalmente de Honduras y sus nomenclaturas equivalentes actuales". Ceiba 42(1):1-71. 2001[2002].
• "Material tipo de la colección de Sessé y Mociño en el Real Jardín Botánico de Madrid". Anales Jardín Bot. Madrid 55(2):375-418. 1997.
• "Hondurensis plantarum vascularium catalogus: Pteridophyta". Fontqueria 43:[1-2]-139. 1996.
• "La flora de Honduras en la Biologia centrali-americana, de Hemsley". Fontqueria 44:[1]-272. 1996.
• "Nociones fundamentales de Anatomía Vegetal". Editorial Universitaria: Tegucigalpa. 1994.
• "Biología General II". Editorial Universitaria: Tegucigalpa. 1987.
• "Plantas Comunes de Honduras". Colección Docencia 1. Editorial Universitaria: Tegucigalpa. 1986.
• "Biología General I". Editorial Universitaria: Tegucigalpa. 1986.
• "Nociones de Taxonomía Vegetal". Colección Docencia 7. Editorial Universitaria: Tegucigalpa. 1982.
• "Ciencias Naturales". Servicópiax Editores: Tegucigalpa. 1979.
• "Biología". Servicópiax Editores: Tegucigalpa. 1979.
• "Nociones de latín para estudiantes de Taxonomía". Ceiba 20(1):53-60. 1976.

• La abreviatura «C.Nelson» se emplea para indicar a Cirilo Nelson como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[3]​

• Ciencia y tecnología en Honduras
• Premio Nacional de Ciencia José Cecilio del Valle
• Educación en Honduras

• «Cirilo Nelson». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.).