Cipriano Isusi nació en 1898 en el barrio Castaños en Galdames, Vizcaya en el País Vasco.^[1]​ De familia nacionalista vasca, se afilió desde joven al Partido Nacionalista Vasco (PNV), desempeñando distintos cargos (en el partido y en las instituciones).

Tras el Golpe de Estado en España de julio de 1936 se unió para luchar y luchó en el Euzko Gudarostea, ejército del Gobierno de Euzkadi (después Cuerpo de Ejército de Euzkadi), a favor del Gobierno de la Segunda República Española y del Gobierno de Euzkadi. En la Guerra civil española tuvo un importante papel en la defensa del frente norte, especialmente en la defensa de Vizcaya.

En 1938, a finales de la Guerra civil española y con el triunfo del bando nacional y el establecimiento de la Junta Técnica del Estado, Isusi fue sometido a Consejo de Guerra y condenado a pena de prisión por rebelión ("condenado por adhesión a la rebelión") y fue encarcelado en la colonia penitenciaria de El Dueso (Santoña) y después trasladado para cumplir condena al Penal de El Puerto de Santa María, junto a sus compañeros Juan de Ajuriaguerra, político y presidente del PNV en el exilio, y Jesús María Leizaola, político y lendakari del Gobierno de Euzkadi en el exilio.^[2]​^[3]​^[4]​^[5]​^[6]​

Al ser nacionalista vasco y haber luchado en el batallón del Euzko Gudarostea a favor de la Segunda República Española, a finales de la Guerra civil española los nacionales le echaron a él y a toda su familia de su caserío familiar y tierras en Galdames y les confiscaron el caserío y les quemaron todo su dinero. Después de eso se tuvieron que ir a vivir a la localidad de Güeñes.