Hijo de un comerciante, se alistó como voluntario en el ejército en 1791. Alcanzó el grado de subteniente en 1792, y el de general de brigada en el año V (1796), tras la campaña de Italia. Más adelante fue nombrado general en jefe del ejército de Saint-Domingue (1801). En 1797 se casó con Paulina Bonaparte y de este matrimonio nació un hijo único, Dernida Luis Napoleón Leclerc, quien falleció en 1804.

Dirigió la expedición que Napoleón mandó a la isla de La Española, la Expedición francesa de Saint-Domingue. Escribió a Napoleón: «Hay que suprimir a todos los negros de las montañas, hombres y mujeres, conservando solo a los niños menores de doce años, exterminar a la mitad de los negros de las llanuras y no dejar en la colonia ni un solo mulato que lleve charreteras».^[1]​

Murió a causa de la fiebre amarilla, el «vómito negro», el 2 de noviembre de 1802, a los treinta años de edad. Leclerc ya había avisado en el mes de junio a Napoleón de la gran cantidad de bajas que la fiebre amarilla estaba produciendo entre las tropas francesas que el comandaba: «Si el Primer Cónsul desea tener un ejército en San Domingo [sic] para octubre, tendrá que enviarlo de Francia, porque los estragos de esta enfermedad son simplemente indescriptibles».^[2]​

Sobre el general, sus andanzas en St. Domingue y Pauline Bonaparte escribió Alejo Carpentier El reino de este mundo.^[3]​ Leclerc es también mencionado en Las venas abiertas de América Latina, de Eduardo Galeano.

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• Juicio de Napoleón sobre Carlos Víctor Leclerc, en Wikisource en español.