Se recibió de médico doctorado en 1849 con una tesis titulada De la cécité nocturne. Coquerel recolectó insectos en Madagascar y en las islas vecinas. Una parte de sus descripciones luego de su muerte, fueron publicadas por Léon Marc Herminie Fairmaire (1820-1906) en sus Notes sur les Coléopteres recueillis par Charles Coquerel a Madagascar et sur les côtes d'Afrique, de 1869. Coquerel fue autor de numerosas publicaciones como un anexo sobre insectos en Voyage à Madgascar au couronnement de Radama II (1865) de Auguste Vinson (1820-1903). Sus Lettres d'un marin à sa famille aparecen póstumamente en 1870 (Germer-Baillière, París).

Numerosas especies le fueron dedicadas como:

• el ave Coua coquereli Grandidier, 1867
• el lemúrido Propithecus coquereli Milne-Edwards, 1867
• otro lemúrido, Mirza coquereli Grandidier, 1867

• Taxones descritos por Charles Coquerel
• Anexo:naturalistas y epónimos
• La abreviatura «Coquerel» se emplea para indicar a Charles Coquerel como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[1]​

La abreviatura Coquerel se emplea para indicar a Charles Coquerel como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.

• Lhoste, J. 1987. Les entomologistes français. 1750-1950. INRA (Instituto Nacional de Investigaciones Agronómicas), París : 1-355 328
• Marseul, S. A. de. 1889. Les Entomologistes et leurs Écrits. L'Abeille (5) 26(=2) 224-286 284-286, Schr.verz.
• Papavero, N. 1971. Essays on the history of Neotropical dipterology. São Paulo 194-195
• Viette, P. 1962. [Coquerel, J. C.] Ann. Soc. Ent. Fr. 131 8
• «Charles Coquerel». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

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1. ↑ Todos los géneros y especies descritos por este autor en IPNI.