Nacido el 15 de mayo de 1858 en Matanzas, estudió en Las Normales y en el Colegio La Empresa de Matanzas.^[1]​ Prosiguió sus estudios en el Instituto de La Habana y posteriormente ingresó en la Universidad Nacional, donde en 1881 se licenció en Medicina, Farmacia y Ciencias Naturales.^[1]​ Obtuvo el doctorado de Ciencias Naturales en la Universidad Central de Madrid dos años después, con una tesis titulada Distribución geográfica de la fauna malacológica terrestre de Cuba.^[1]​ Su vocación por la historia natural fue promovida por Francisco Ximeno, y por sus profesores Ramón Forns, Rafael Arango y Juan Gundlach.^[1]​ También fue influido por Felipe Poey, a quien sucedió en la cátedra de Zoografía en la Universidad de La Habana.^[1]​ Antes de cumplir veinte años había descubierto dos especies de molusco, que fueron llamadas Cylindrella Torrei (1876) y Cyclostoma Torreianum (1878).^[1]​

Impartió clases en Las Normales y en San Carlos, en Matanzas, y en La Gran Antilla y El Progreso, en La Habana.^[1]​ Fue nombrado en 1880 asistente en Ciencias Naturales y Físico-Químicas en el Instituto de La Habana y en 1883 profesor de Historia Natural y Fisiología en el Instituto de Puerto Rico.^[1]​ Retornó al poco a Cuba para asumir las cátedras de Anatomía Comparativa y Zoografía de Moluscos y Zoófitos en la Universidad de La Habana.^[1]​ En 1886 se unió a la Sociedad Antropológica de Cuba y en 1889 a la Academia de Ciencias.^[1]​ Autor del discurso Consideraciones anatómicas sobre los huesos de la cabeza del manjuari, también escribió un Informe sobre la enfermedad de los cocoteros y una Excursión antropológica a las cavernas de Maisí (Oriente).^[1]​ Fue jurado en la Sección de Mineralogía y Geología de la Exposición Colombina de Chicago de 1893.^[1]​ En 1895 dio inicio al curso académico en la Universidad de La Habana con el discurso Clasificación de los animales observados por Colón y los primeros exploradores de Cuba.

Tras el estallido de la guerra de independencia cubana abandonó la isla tras sufrir persecución por parte de la Administración colonial española.^[1]​ Marchó primero a México, donde ejerció como profesor de Ciencias Naturales en Chihuahua, y posteriormente partió a París.^[1]​ En 1897 fue admitido como miembro de la Sociedad Zoológica de Francia.^[1]​ Tras retornar a Cuba en 1898 se le restauró su puesto en la universidad, en el que había cesado por orden del general Weyler.^[1]​ En esta etapa entró en política y participó en la fundación del partido nacionalista.^[1]​ El general Wood le nombró alcalde de La Habana, cargo que desempeñaba en el momento en que se instauró la República cubana en 1902.^[1]​ Fue elegido representante por la provincia de La Habana.^[1]​

En 1900 fue delegado de la provincia de La Habana en la Exposición de París, en 1904 fue comisionado de Instrucción Pública en la Exposición de San Luis y en 1910 fue delegado al décimo Congreso Geológico Internacional.^[1]​ En 1910 representó a Cuba en el octavo Congreso Zoológico Internacional en Graz.^[1]​ En 1909 probó la existencia de estratos jurásicos en la parte occidental de la isla de Cuba y en 1910 encontró fósiles del Pleistoceno en la zona central de la isla.^[1]​ Restauró un Megalocnus rodens.^[1]​ Estos descubrimientos fueron presentados al undécimo Congreso Geológico Internacional de Estocolmo de 1911.^[1]​ El Gobierno de Cuba le encargó la revisión y publicación de la Ictiología cubana de Poey.^[1]​ En 1911 la Academia de Ciencias de La Habana le nombró miembro de mérito.^[1]​ Desde 1901 fue miembro correspondiente de la Academia de Ciencias de Filadelfia y desde 1911 miembro correspondiente de la Academia de Ciencias española, además de miembro vitalicio del Museo de Historia Natural de Nueva York.^[1]​ En 1918 fue nombrado miembro correspondiente de la Hispanic Society of America.^[1]​ Falleció el 19 de febrero de 1950 en La Habana.^[2]​

•   Partes de este artículo incluyen texto de Cubans of to-day (1919), una obra en dominio público.

• Morales Patiño, Oswaldo (1951). «Carlos de la Torre y Huerta». Revista de Arqueología y Etnología (La Habana). año VII, época II (13-14). 
• Parker, William Belmont, ed. (1919). Cubans of to-day. New York: G. P. Putnam's sons. Wikidata Q135552047.