Hijo de inmigrantes alemanes asentados en el sur de Chile, Estudia en el Colegio Alemán de Valdivia. A los 15 años ingresó como empleado en la Casa Salitrera Folsch y Martín de Iquique, donde llegó a ser jefe en las sedes de Tocopilla y Taltal. Más tarde nombrado jefe y director general de las salitreras alemanas con residencia en Valparaíso. posteriormente en 1912, entró en la sociedad con el entonces dueño de la Fábrica de Paños Bellavista-Tomé, Federico Wolf. Al momento de asociarse con Wolf, la fábrica de paños era una pequeña industria. Algunos años después quedó como único dueño de la empresa textil que levantó a gran establecimiento industrial.

Falleció en la ciudad alemana de Hamburgo el 31 de diciembre de 1926, producto de una larga enfermedad que lo aquejaba y que había sido el motivo de su viaje en compañía de su esposa, algunos familiares y un facultativo de su plena confianza para obtener un tratamiento médico paliativo.^[1]​ Sus restos fueron repatriados y sepultados en el Cementerio Santa Inés de Viña del Mar.^[2]​

Sus dotes de laboriosidad y visión comercial eran muy conocidas en el país, que lo llevan a participar directamente en la vida pública como político; fue elegido Senador de la República por el período 1923-1926, por la agrupación Malleco, Arauco y Cautín.

Cuando residió en Tocopilla y Taltal desempeñó el cargo de cónsul de Alemania y Austria, en esas ciudades.

Producto de su fallecimiento el 31 de diciembre de 1926, el 6 de febrero de 1927 se realizó una elección complementaria para llenar su escaño en el Senado. En la ocasión triunfó Víctor Körner Anwandter (PL) sobre Luis Malaquías Concha (PD) y Francisco Ramírez (PCCh).^[3]​

• Construcción de viviendas para empleados y obreros
• Realizó diversas obras de ornato en el cementerio local, junto con el adoquinamiento de la calle que conduce al campo santo N.º 1 de Tomé.
• Miembro honorario de la Primera Compañía de bomberos y Directivo del Club Social de Tomé.
• Construyó y donó la Parroquia Cristo Rey de Bellavista, en memoria de su hija primogénita Edith, fallecida en 1921.^[4]​
• Actualmente recuerdan su nombre el Gimnasio de Bellavista y la calle de acceso al Cementerio N.º 1 de Tomé.

Hijo de Juan Werner y de Dorotea Richter. Contrajo matrimonio con Selma Schömberg, ambos de ascendencia alemana, enlace del cual nacen los hijos: Edith, Harry y Kenneth.

Residió muchos años en la Mansión construida en Bellavista, en los faldeos con el límite de Cerro Alegre. También vivió en el edificio que mandó a construir y que actualmente ocupa la Ilustre Municipalidad de Tomé.

• Bellavista (Concepción)
• Bellavista Oveja Tomé

• Reseña biográfica de Carlos Werner en el portal Historia Política de la Biblioteca del Congreso Nacional de Chile.