Mac Allister debutó en Argentinos Juniors en 1985.

El 9 de agosto de 1992 fue adquirido por Boca Juniors pero a mediados del año 1996, Carlos Salvador Bilardo (director técnico en ese entonces) dispuso su salida del club debido a sus bajos resultados y siguió su carrera en Racing Club.

Se retiró del fútbol en 1999 en el Club Ferro Carril Oeste.

En su carrera ganó dos títulos: Torneo Apertura 1992 (Argentina) y Copa de Oro Sudamericana 1993, ambos con Boca Juniors.^[2]​

Integró el combinado argentino que ganó la medalla de bronce en el torneo de fútbol de los Juegos Panamericanos de 1987.^[4]​

En 1993 jugó para la selección de Argentina en las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 1994. Fue convocado al equipo a finales de 1993 después de una humillante derrota ante Colombia el 5 de septiembre de 1993 en Buenos Aires, y participó en los siguientes partidos internacionales con el equipo nacional:

• 31 de octubre de 1993: empate 1–1 contra Australia, jugado en Sídney en el repechaje intercontinental para el Mundial 1994;
• 17 de noviembre de 1993: victoria 1–0 contra Australia, jugado en Buenos Aires en el repechaje intercontinental para el Mundial 1994;
• 15 de diciembre de 1993: victoria 2–1 contra Alemania, jugado en Miami, Florida, en un partido amistoso.

Mac Allister, sin embargo, no fue seleccionado para disputar la Copa Mundial de Fútbol de 1994.

  Datos actualizados al fin de la carrera deportiva.

Como Diputado Nacional, Mac Allister apoyó el proyecto de modificar la sección acerca de delitos viales del Código Penal Argentino^[5]​ y votó en contra de la creación de la Universidad Nacional de Hurlingham.^[6]​^[7]​

Fueron de su autoría los proyectos presentados para otorgar una pensión mensual a los deportistas argentinos mayores de 50 años que se han consagrado campeones mundiales representando al país,^[8]​ y para adaptar la actual versión del Himno Nacional Argentino que se canta en los encuentros deportivos internacionales, con el fin de que se interprete el fragmento de la canción que contiene letra.^[9]​

En 2018 un informe de El Trece reveló acusaciones contra la gestión del titular de la Secretaría de Deportes de la Nación. En aquella ocasión hubo denuncias de presuntas contrataciones irregulares, discrecionalidad de subsidios y tráfico de influencias durante su gestión al frente del organismo público, lo que derivo en que el juez Ariel Lijo iniciase una investigación para aclarar el asunto.^[10]​

Renunció a su cargo en octubre de 2018, afirmando que quería emplear su tiempo para realizar una campaña para convertirse en gobernador de la provincia de La Pampa.^[11]​

Se presentó en febrero de 2019 en las elecciones primarias de Cambiemos La Pampa como aspirante a candidato a gobernador del PRO, pero fue contundentemente derrotado por Daniel Kroneberger, el candidato de la UCR, que duplicó sus votos recibidos.^[12]​

En 2016 fue denunciado por el uso del predio de Tecnópolis con fines privados. Junto a otros funcionarios, están acusados de "malversación de fondos públicos y peculado como los integrantes del anterior gobierno" durante una visita al predio de Villa Martelli, al que accedieron en forma privada junto a sus hijos. El sábado 1 de octubre de ese año el parque abrió dos horas antes sus puertas para uso exclusivo de hijos de funcionarios, entre ellos ministros y secretarios de gobierno. A raíz de ello los visitantes debieron esperar la finalización del evento.^[13]​ Asimismo, durante la semana anterior se mantuvieron cerradas zonas para preparlas especialmente y se armaron espacios que, luego de que fueron usados, fueron desarmados. Esto se trató de un hecho inédito en la historia del parque.^[14]​^[15]​^[16]​^[17]​ A raíz de los hechos, los funcionarios fueron denunciados penalmente. Entre ellos Esteban Bullrich, Hernán Lombardi y Carlos Mac Allister, por los delitos de "malversación de fondos públicos y peculado".^[18]​

Como secretario de deportes cerró el programa "Líderes deportivos", que contenía a miles de jóvenes de barrios humildes.^{[cita requerida]} El plan Líderes venía desarrollándose ininterrumpidamente desde 2010 en 65 barrios populares de todo el país, ofreciendo a más de 1200 jóvenes (datos 2015) cursos de formación y capacitación en el deporte social, la recreación, y otras áreas para desempeñarse como promotores deportivos y culturales en sus comunidades^[19]​^[20]​ También se denunció que fue cesanteado el entrenador nacional de yachting que formó parte de cinco campañas olímpicas en esta disciplina donde obtuvo cinco medallas consecutivas y ya había clasificado a cuatro equipos para los Juegos de Río de Janeiro.^[21]​

En 2017 se denunciaron casos de abuso sexual en el Club Deportivo Mac Allister, propiedad de él y su hermano, según múltiples testimonios las situaciones de abuso sexual hacia niños por parte de un entrenador del club cercano a Carlos llevaban casi 40 años, los abusos habrían tenido lugar dentro del club y los escándalos habrían tenido una actitud de silencio por parte de las autoridades del mismo.^[22]​ Según los medios periodísticos, el entrenador habría sido protegido por Mac Allister, probablemente por ser copartícipe.^[23]​ Según una de las madres denunciantes el entrenador acusado había sido apartado por una situación con un menor pero luego se lo volvió a contratar.^[24]​

Es padre de los futbolistas Kevin, Francis y Alexis Mac Allister. También tuvo una hija extramatrimonial, Abril, a quien reconoció como propia tras un conflicto judicial con su madre.^[25]​

En 2022 fue denunciado por Patricia Suárez, la madre de la hija extramarital, por violencia de género.^[26]​ Al dar su testimonio, la mujer relató que, en su momento, el exfutbolista la había presionado para que abortara a su hija, debido a que no deseaba reconocer la infidelidad ante su esposa. Además denunció haber sido golpeada por él en diversas ocasiones.^[27]​ Posteriormente, la denuncia fue ampliada con la acusación de abuso sexual, señalando que los abusos habrían ocurrido incluso durante su embarazo.^[25]​

•   Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Carlos Mac Allister.
• “Todavía estoy buscando mi camino”, El Gráfico, Entrevista 100x100, 5 de noviembre de 2008
• Mac Allister sobre Macri: “Mi jefe político es mucho mejor trabajando que hablando”, Radio Rivadavia, 25 de abril de 2014
• Carlos Javier Mac Allister: "A la gente se le hace imposible aislarse del clima político denso que hoy domina el país", El Cronista, 25 de enero de 2013
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