• 1911. Die Pflanzenstoffe botanisch-systematisch bearbeitet. Chemische Bestandteile und Zusammensetzung der einzelnen Pflanzenarten, Rohstoffe und Produkte, Phanerogamen. Editor G. Fischer, 938 pp.

• 1901. Die Pilzgattung Aspergillus in morphologischer, physiologischer und systematischer Beziehung unter besonderer Berücksichtigung der Mitteleuropäischen Species. Volumen 23, Parte 2, N.º 4 de Mémoires de la Société de physique et d'histoire naturelle de Genève. 157 pp.

• 1886. Die Bildung von Lävulinsäure, ein Kennzeichen der Glykosen und ein Beweis für die Gegenwart eines"echten" Kohlenhydrats. Inaugural-Dissertation. Editor Buchdruckerverein d. Prov. Hannover, 54 pp.

• La abreviatura «Wehmer» se emplea para indicar a Carl Friedrich Wilhelm Wehmer como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[2]​

Publicaba sus identificaciones y clasificaciones de nuevas especies, habitualmente en : Pflanzenstoffe, Umbelliferae World.

• «Carl Friedrich Wilhelm Wehmer». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

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