La capilla se realizó para servir de oratorio privado a las habitaciones que el cardenal Eduardo Farnesio se había reservado para su uso (el conocido como Appartamento Farnese) dentro de la casa profesa, como consecuencia de haber sido esta construida por su munificencia. Como el resto del conjunto, la capilla se finalizó alrededor de 1623.

Hacia finales del siglo XVII, cuando el uso del Appartamento Farnesio fue cedido por la casa Farnesio a la Compañía de Jesús, se vendió el cuadro del Domenichino que la presidía, sustituyéndolo por una copia.

En 1944 la capilla fue restaurada profundamente, tras haber recuperado la Compañía de Jesús el uso de su casa profesa que, desde 1873 había sido destinada por el gobierno del reino de Italia para albergar el Archivio di Stato. En esta restauración se puso un altar de mármol.^[2]​

Se enclava dentro del Appartamento Farnese, en la parte posterior del ábside de la iglesia del Gesú, en la esquina noroeste de la manzana ocupada por la casa profesa.

El oratorio es un pequeño espacio revestido de estucos en blanco y oro, que enmarcan una serie de pinturas sobre la vida de San Ignacio, ejecutadas por Baccio Ciarpi. El conjunto estaba presidido por un óleo del Domenichino en que se representaba la visión de San Ignacio en La Storta, hoy en el Museo de Arte del Condado de Los Ángeles.^[3]​

En 1626, poco después de su finalización, la capilla contenía reliquias de los santos Andrés, Pedro, Pablo, Ignacio de Loyola y Francisco Javier.^[4]​

El detalle de una de las pinturas existentes en la capilla sirvió, entre otros documentos, para la restauración a su estado original de los Cuartos de San Ignacio, también en la casa profesa.^[5]​

El autor de una monografía sobre el Gesú y la Casa Profesa, Pio Pecchiai, escribió sobre la capilla:^[1]​

Minuscola, come abbiamo detto, ma tanto carina che si può definire un gioiello, (en español, Minúscula, como decíamos, pero tan bonita que podría decirse que es una joya.)

Sobre la iconografía y la función como lugar de oración dentro del lugar de retiro que constituía el Apartamento Farnesio, dice Witte:^[6]​

A través de los actos de oración y meditación, se podía llegar a la comunicación entre el alma y Dios. Este era el tema de los Ejercicios Espirituales [escritos por Ignacio de Loyola] y también el tema principal de los cuadros de la Capilla Farnesio.

• Algunas de las obras de arte en la capilla.
•  
  Luneto representando el Éxtasis de San Ignacio en Manresa, por Baccio Ciarpi
•  
  San Ignacio oyendo la Misa de Manresa, por Andrea Commodi.

1. ↑ ^{a b} Pecchiai, 1952, p. 312.
2. ↑ Pecchiai, 1952, p. 327.
3. ↑ «Saint Ignatius of Loyola's Vision of Christ and God the Father at La Storta | LACMA Collections». collections.lacma.org. Consultado el 4 de agosto de 2024. 
4. ↑ Witte, 2004, p. 141.
5. ↑ Lucas, Thomas M., S.I. (1991). «Le camere di S. Ignazio a Roma». La Civiltà cattolica III (3387-3388): 280-286. 
6. ↑ Witte, 2004, p. 150.

• Pecchiai, Pio (1952). Il Gesú di Roma (en italiano). Roma. Wikidata Q128215004. Consultado el 1 de agosto de 2024. 
• Witte, A.A. (2004). «4. The Cardinal's retreat: family tradition and religious policy. Rome: the Casa Professa Apartment». The Artful Hermit. Cardinal Odoardo Farnese's religious patronage and the spiritual maening of landsacpe around 1600 (en inglés). Universidad de Amsterdam. pp. 137-151.