CM Airlines actualmente posee código compartido con las siguientes aerolíneas:

•   ARM Aviación
•   5U TAG Airlines
•   9N Tropic Air

• 8 de marzo de 2012: un Aero Commander 500, matrícula TG-JAB, con 2 pasajeros a bordo se estrelló cerca de Plan de La Laguna, municipio de San Jerónimo, Comayagua, Honduras, en la ruta MHLM-MHTG; sus dos ocupantes perdieron la vida.^[3]​

• 16 de septiembre de 2016: El Vuelo 3040, un Saab 340A con matrícula TG-BJO, sufrió una excursión de pista durante el despegue desde el Aeropuerto Internacional Toncontín en Honduras. La aeronave, que pertenecía a TAG Airlines, estaba cubriendo un vuelo operado por CM Airlines. El vuelo recibió autorización para el despegue desde la pista 02 en condiciones VMC (visibilidad meteorológica en vuelo). Una vez completados los procedimientos de la lista de verificación, el Primer Oficial (quien era el piloto al mando) aumentó la potencia y liberó los frenos para comenzar la carrera de despegue. Al alcanzar una velocidad de 110 nudos, antes de llegar a la velocidad de decisión (V1), los pilotos sintieron una vibración en la cabina y en el panel de instrumentos, y se iluminó la luz CONFIG. El capitán asumió el control de la aeronave y decidió abortar el despegue utilizando los frenos y la reversa máxima. Al observar que la aeronave desaceleraba menos de lo esperado, decidió realizar un giro de 180° (ground loop). La aeronave se desvió hacia el lado derecho de la pista, saliendo a la hierba. Cuando la aeronave se detuvo, se llevaron a cabo los procedimientos de apagado de motores y, en coordinación con la tripulación de cabina, se procedió a la evacuación de los pasajeros. Tras revisar la información del incidente, se concluye que la vibración y la alarma CONFIG en la cabina podrían haber sido causadas por la explosión del neumático No 1 del tren de aterrizaje principal izquierdo, que estaba desgastado y con un freno en condiciones inaceptables. Todos los ocupantes sobrevivieron al accidente.^[4]​^[5]​

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