Las Brigadas Farouq surgieron de la ciudad central de Homs apenas unos meses después del inicio de la Guerra civil siria. Sus inicios fueron como una subunidad de la Brigada Khalid ibn al-Walid, un grupo de desertores del Ejército sirio que anunció su formación en junio de 2011 y participó en enfrentamientos con miembros de las fuerzas de seguridad sirias en Homs y Al-Rastan. El grupo comenzó con más de 3.000 combatientes. Durante la segunda mitad de 2011, Farouq estuvo activo en Homs, especialmente en el barrio de Baba Amr. Estaba liderado por un desertor, el teniente Abdul Razaq Tlass, sobrino del exministro de Defensa sirio Mustafá Tlass.^[10]​ El aparente éxito de Farouq en mantener el territorio en Baba Amr llevó al gobierno sirio a intensificar el uso de la fuerza en una ofensiva a principios de 2012, causando numerosas bajas entre los rebeldes y obligándolos a retirarse a la zona rural de Homs y a las ciudades de Al-Qusayr y Al-Rastan.^[10]​

En los meses siguientes, Farouq absorbió unidades rebeldes preexistentes y formó otras nuevas en toda Siria, desde Daraa en el sur cerca de la frontera con Jordania hasta Farouq al-Shemal (Farouq del Norte), que controlaba algunos de los puestos fronterizos en el norte con Turquía.^[7]​

En septiembre de 2012, un gran número de brigadas rebeldes islamistas, incluidas las Brigadas Farouq y Suquor al-Sham, formaron el Frente de Liberación Islámica Sirio (FSLS), bajo el liderazgo del comandante de Suquor al-Sham, Ahmed Abu Issa. Abu Issa afirmó que el nuevo Frente contaba con más de 40.000 combatientes y pretendía establecer un Estado con una referencia islámica.^[11]​ En mayo de 2013, la BBC estimó en 20.000 combatientes.^[5]​ En noviembre de 2013, el FSLS fue reemplazado por una nueva coalición rebelde denominada Frente Islámico; sin embargo, Farouq no pertenecía a esta agrupación.^[12]​

La mayoría de los combatientes del grupo eran musulmanes sunitas religiosos y conservadores que utilizaban retórica religiosa y discursos islamistas sunitas.^[13]​ Jeffrey White, exoficial de inteligencia de defensa estadounidense del Instituto Washington para la Política del Cercano Oriente, y Joseph Holliday, analista de investigación del Instituto para el Estudio de la Guerra, consideran a la Brigada Farouq "moderadamente islamista", es decir, ni secular ni salafista. White también indicó que la percepción de su religiosidad podría ser una forma de obtener dinero y armas de los donantes del Golfo, señalando finalmente que "nadie sabe con certeza" si es genuina.^[14]​

Farouq cuenta con su propia sección de relaciones públicas, que graba sus operaciones en el campo de batalla y las sube a YouTube y Facebook con el logotipo de su grupo. Estos vídeos se utilizan para recaudar fondos de sirios, donantes de los países del Golfo, fuentes occidentales y grupos islamistas.^[15]​

En abril de 2012, las Brigadas Farouq fueron acusadas de recaudar yizia, o impuestos a los no musulmanes que vivían bajo dominio musulmán, en zonas cristianas de la provincia de Homs. Sin embargo, el grupo lo negó y el Instituto para el Estudio de la Guerra afirmó que «la acusación probablemente provenga del régimen de Asad».^[16]​ También hubo informes de que el grupo había expulsado al 90% de la población cristiana de la ciudad de Homs.^[17]​^[18]​ Sin embargo, los jesuitas de Homs cuestionaron la causa del éxodo y afirmaron que los cristianos no fueron el objetivo específico, sino que huyeron de la ciudad por iniciativa propia debido al conflicto en curso.^[19]​ Según entrevistas realizadas por McClatchy Newspapers a refugiados en el Líbano, no hubo ataques contra los cristianos debido a su religión. Más bien, varios cristianos afiliados al gobierno fueron capturados por las Brigadas Farouq, lo que provocó que algunos cristianos huyeran de la zona.

En agosto de 2012, el teniente Abdul Razzaq Tlass, uno de los principales líderes de las Brigadas Farouq, se vio implicado en un escándalo sexual tras la publicación en YouTube de un vídeo que aparentemente lo mostraba manteniendo relaciones sexuales con una mujer a través de Skype. Tlass y otros afirmaron que el vídeo era una invención del gobierno sirio.^[20]​ Sin embargo, en octubre de 2012, Abu Sayeh Juneidi reemplazó a Tlass como comandante.^[2]​

En septiembre de 2012, ña rama norte de las Brigadas Farouq fue acusada de secuestrar y asesinar a Abu Mohamad al-Absi, un yihadista sirio que lideraba un grupo de combatientes extranjeros. El líder local de las Brigadas Farouq afirmó que los combatientes extranjeros habían ignorado sus exigencias de abandonar el puesto fronterizo de Bab al-Hawa. Afirmó que al-Absi había "enarbolado la bandera de Al Qaeda, y Al Qaeda no es bienvenida por nosotros".^[7]​

En mayo de 2013, se publicó en internet un vídeo que mostraba al comandante rebelde Abu Sakkar cortando órganos del cadáver de un soldado sirio y poniéndose uno de ellos en la boca, "como si le estuviera dando un mordisco".^[21]​ Instó a los rebeldes a seguir su ejemplo y aterrorizar a la secta alauita, que mayoritariamente apoya a Asad. Peter Bouckaert, de Human Rights Watch, confirmó la autenticidad de las imágenes y declaró: «La mutilación de los cuerpos de los enemigos es un crimen de guerra. Pero el problema aún más grave es el rápido descenso hacia la retórica sectaria y la violencia».^[22]​ Según la BBC, Abu Sakkar parece ser un comandante de la "Brigada Independiente Omar al-Farouq".^[23]​ La BBC calificó al grupo como una rama o subunidad de las Brigadas Farouq, diciendo que "la Brigada Farouq parece ser en realidad un complejo de subunidades con un pedigrí enredado".^[5]​ Human Rights Watch declaró: "Se desconoce si la Brigada Independiente Omar al-Farouq opera dentro de la estructura de mando del Ejército Libre Sirio".^[21]​ La Coalición Nacional Siria afirmó que el comandante sería juzgado.^[23]​ El Consejo Militar Supremo rebelde exigió la detención de Abu Sakkar, alegando que lo quiere "vivo o muerto". Abu Sakkar afirmó que la mutilación fue una venganza. Afirmó haber encontrado un video en el celular del soldado en el que este abusa sexualmente de una mujer y sus dos hijas,^[24]​ junto con otros vídeos que muestran a leales a Assad violando, torturando, desmembrando y matando a personas, incluidos niños.^[25]​ Afirmó además que si la guerra continuaba, "todo el pueblo sirio" sería como él.^[26]​ Fue asesinado en la provincia noroccidental de Latakia el 6 de abril de 2016 por el ejército sirio, mientras estaba afiliado al Frente Al Nusra, vinculado a Al Qaeda.^[27]​

En noviembre de 2016, en el estado de Tirol Austria un excombatiente de las Brigadas Farouq fue procesado por la ejecución sumaria de 20 soldados del ejército sirio heridos mientras estaban en Homs entre 2013 y 2014.^[28]​ En mayo de 2017, fue declarado culpable y condenado a cadena perpetua en Austria.^[29]​

Para noviembre de 2013, se informó de una grave disminución de las Brigadas Farouq en su fuerza y área de influencia, dividándose en numerosas facciones más pequeñas,^[8]​ como la Brigada Independiente Omar al-Farouq y las Brigadas Islámicas al-Farouq.^[30]​^[31]​ Se dice que la presencia del grupo fuera de Homs disminuyó tras perder disputas con grupos rebeldes islamistas de línea dura, como Ahrar al-Sham y Jabhat Fateh al-Sham, lo que resultó en la expulsión de Farouq de la Gobernación de Al-Raqa y la pérdida del control del estratégico cruce fronterizo de Tal Abiad.^[8]​ Para 2014, el Movimiento Hazm incluía varios grupos que anteriormente formaban parte de las Brigadas Farouq.^[9]​

Después de 2015, los remanentes de las Brigadas Farouq solo operaban oficialmente en los alrededores de la ciudad de Binnish, en el distrito de Idlib de la gobernación de Idlib. El 1 de febrero de 2017, se unieron a Ahrar al-Sham^[32]​ En el norte de Hama, otros remanentes bajo la bandera de la Brigada Farouq se unieron a Tahrir al-Sham el 20 de marzo de 2017.^[33]​