Antes de la llegada de los españoles, existían algunas culturas que vivían en Esmeraldas. Anteriormente este había sido el lugar donde se desarrollaría la cultura La Tolita, que dejó restos de cerámica, metalurgia y tolas que dan prueba de su desarrollo. Para el siglo XVI, un notable patrón hacia el establecimiento de asentamientos más pequeños se habían emplazado hacia el interior del norte de Esmeraldas. La costa aún contenía unos pocos asentamientos grandes, uno cerca de la cuenca del río Santiago y otro en Atacames, al sur del río Esmeraldas.

Todos ellos se habían mantenido fuera de la conquista incaica. Sin embargo esto cambiaría después de la llegada de los conquistadores, como Nicolás de Ribera y Laredo, quienes entrarían en contacto con los indígenas de los poblados de Tenumpuela y Atacames en el año de 1526, mientras exploraban la costa que finalmente les condujo a Perú. En esta ocasión el conquistador Bartolomé Ruiz sería el primero en llegar a la Bahía de Tacames, por lo que encontró tres pueblos cuyos habitantes estaban engalanados con oro. El piloto continuó su viaje por la costa, y regresó con Pizarro, Almagro y sus hombres para posteriormente llegar en una bahía y toma posesión de la aldea nativa de Sagüe a orillas del Esmeraldas.

Por la capitulación de Toledo de 1529, Pizarro recibió la autorización para la conquista y población de la provincia del Perú o Nueva Castilla, desde el pueblo de Tenumpuela o Santiago en la boca del río homónimo^[5]​ hasta el pueblo de Chincha (costa del actual Perú); entre ambos puntos mediaba una distancia que se estimaba de 200 leguas, pero que en la realidad era cercana a las 257. Gran parte de esta área, que se extendía por la costa del entonces llamado mar del Sur, había sido ya descubierta y explorada por Pizarro y su socio, el capitán Diego de Almagro, en los cinco años anteriores a la firma de la capitulación.