Hay una gran variedad de especies en la fauna de Costa Rica entre ellas se encuentran:

• Mamíferos: (227 especies) Destacan las muchas especies de murciélagos, los felinos como el jaguar, el puma y el ocelote, cuatro especies de primates: el capuchino, el mono aullador, el mono araña y el saimiri, las dantas, los manatíes y 30 especies de mamíferos marinos.
• Aves: (+ de 800 especies) Loros, amazonas, guacamayos, águilas y otras aves de presa, etc.
• Reptiles: Un gran número de serpientes, cocodrilos, caimanes y tortugas.
• Anfibios: Ranas y sapos (un total de 183 especies).

A nivel Centroamericano Costa Rica ocupa el primer lugar en anfibios; el segundo en plantas, aves, mamíferos; el tercero en reptiles y peces.

Entre vertebrados y plantas se han identificado unas 13091 especies, lo cual supone la segunda mayor variedad en América Central.

Se estima que Costa Rica es el país con mayor cantidad de especies por unidad de área, con 1.8 especies por km².

En todos los grupos de vertebrados y en el grupo de las plantas, Costa Rica forma parte de los 35 primeros lugares (los de mayor cantidad de especies de cada grupo). Así pues en plantas, Costa Rica se encuentra en el puesto 17; en anfibios, Costa Rica se ubica en el puesto 13; en reptiles, Costa Rica está en el puesto 20; en mamíferos, Costa Rica se encuentra en el puesto 32; en aves, Costa Rica se ubica en el puesto 23.

Las causas de que haya tanta biodiversidad en un país tan pequeño son las siguientes:

• Ubicación geográfica: Costa Rica se encuentra al sur de América Central, en la zona Intertropical del planeta. Las zonas intertropicales del continente americano albergan una mayor biodiversidad que la de los otros continentes. De esta forma 1 km² de selva tropical en Costa Rica, alberga más especies que 1 km² de selva tropical en África Central. Además el país se halla muy cerca del Ecuador, se estima que los países más cercanos al Ecuador son los más biodiversos. Así pues se obtiene que, por ejemplo, la selva tropical del centro de Costa Rica (en un área de 1,200 km²) alberga unas 6,500 especies de plantas; mientras que la Selva Lacandona del estado mexicano de Chiapas (en un área de 9,600 km²) alberga unas 3,000 especies de plantas.

• Dos costas: El hecho de tener dos costas (la del Mar Caribe y la del Pacífico) provoca que Costa Rica tenga muchas más especies marinas que otros países.

• Altitud: El rango de altitud de Costa Rica es muy amplio, ya que va desde el nivel del mar hasta los 3,820 m de altitud. Esto provoca que en el país se desarrollen ecosistemas muy diferentes; así pues en las llanuras bajas del Caribe se da la selva tropical, en tanto que en las zonas de mayor altura de la Cordillera de Talamanca se da la vegetación de páramo.

En las últimas décadas, ha crecido la preocupación por el impacto de especies animales y vegetales introducidas e invasoras fuera de su hábitat natural, especialmente en islas oceánicas pequeñas, donde el impacto suele ser más devastador debido a razones biogeográficas. Este fenómeno también afecta significativamente áreas continentales. La introducción e invasión de estas especies son componentes importantes de los cambios ambientales globales inducidos por el ser humano, acelerados por el aumento de los viajes y la economía global. La rapidez de estas invasiones hoy en día es notable, facilitada por el cambio climático y la destrucción de hábitats. Por ejemplo, muchas especies hortícolas ya se cultivan exitosamente mucho más al norte de sus rangos naturales conocidos, revelando la adaptabilidad y expansión de estas especies. En este contexto, las estrategias de manejo deben considerar la presencia de estas especies "nuevas", evaluando si deben ser erradicadas, toleradas o incluso integradas para enriquecer la flora local y apoyar la restauración ecológica. Costa Rica ilustra este fenómeno con claridad desde el siglo XVI, donde algunas plantas introducidas han tenido impactos socioeconómicos y ambientales significativos. Estas especies continúan llegando y estableciéndose, algunas como invasoras. Desde el siglo XVI, diversas especies de plantas introducidas han dejado una huella significativa en la historia de Costa Rica. Algunas de estas plantas se convirtieron en cultivos de gran impacto socioeconómico y ambiental, mientras que otras se naturalizaron o se volvieron invasoras. En años recientes, continúan llegando nuevas especies como inmigrantes, introducidas de manera intencional.

Una investigación reciente, publicada en 2020, en la revista Cuadernos de Investigación UNED se propuso identificar y clasificar las plantas seminíferas alóctonas de Costa Rica. Esta investigación reveló un total de 144 familias, 623 géneros y 982 especies introducidas. Se destacan 29 familias que comprenden el 60% de los géneros y el 62% de las especies introducidas en el país, a pesar de representar solo el 20% del número total de familias con especies alóctonas. Entre estas, Fabaceae emerge como la familia más diversa con 46 géneros y 70 especies, superando significativamente a Poaceae, que cuenta con 27 géneros y 39 especies, así como a Lamiaceae con un número similar de especies. En cuanto a la flora nativa de Costa Rica, se observa que seis de las familias más diversas (Asteraceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Orchidaceae, Poaceae y Rubiaceae) también son grupos con una presencia notable de especies alóctonas cultivadas y naturalizadas en el país. No obstante, Orchidaceae, la familia más diversa de la flora nativa, ocupa el puesto 27 en cuanto a especies introducidas, en parte debido a la dificultad para cuantificar híbridos. En años recientes, continúan llegando nuevas especies como inmigrantes, introducidas de manera intencional.^[4]​

• http://repositoriotec.tec.ac.cr/handle/2238/3936