Su nombre original era Bernardo de Alvarado. Nació en Fresneda de la Sierra, en una familia hidalga de modestos recursos. Recibió el hábito franciscano en el convento de San Bernardo de la Sierra o del Monte, sito en su población natal, usando "de Fresneda" en lugar de su apellido. Estudió teología en la Universidad de Alcalá de Henares, donde ingresó en 1534. Tras completar su formación, comenzó a trabajar en la Orden. Posteriormente, fue nombrado Definidor General de la Familia Cismontana en 1553.

El reconocimiento de Fresneda entre sus hermanos y sus convicciones reformistas lo llevaron a formar parte del séquito que acompañó al príncipe Felipe en su viaje por Europa en 1548, lo que le valió el favor de Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico. Con el apoyo de los secretarios del rey, se vio obligado a acompañar al príncipe a Inglaterra, donde contrajo matrimonio con María Tudor. Ingresó en la capilla real como teólogo y se estableció definitivamente en el confesionario real.

Fue nombrado obispo de Cuenca^[1]​^[2]​ y comisario general de cruzada desde 1562, obispo de Córdoba desde 1571^[3]​ y Consejero de Estado desde 1573.^[4]​ En 1577, fue elegido arzobispo de Zaragoza, pero falleció de camino a esta ciudad sin haber tomado posesión de la sede. Fue enterrado en el convento de San Francisco de Santo Domingo de la Calzada.^[5]​