En 1819 se inició la segunda etapa de la guerra en la región, una que acabaría cuatro años después con la completa derrota monárquica.^[1]​ El 5 de octubre, Gregor MacGregor con tres buques ocupaba Riohacha,^[2]​ el gobernador, coronel José de Solís, huyó sin luchar con la mayoría de los habitantes.^[3]​ MacGregor mandaba 200^[2]​ a 300^[4]​ irlandeses. Según el oficial Francisco Burdett O'Connor, eran 261 (meses antes, en isla Margarita hubo hasta 800).^[5]​^[6]​ Hubo una tenaz resistencia de la pequeña guarnición realista que se quedó defendiendo su cuartel pero fue vencida.^[2]​

MacGregor no desembarcó hasta que se rindió la plaza y fue visto como un acto de cobardía por sus subordinados, que saquearon la localidad. Desacreditado, no hizo nada para reinstaurar la disciplina entre sus soldados a pesar de las solicitudes de algunos oficiales.^[2]​

El 11 de octubre, los guajiros la reconquistaron al mando de los capitanes de milicias Clemente Iguarán y Miguel Gómez.^[3]​ Debe mencionarse que ellos fueron los que hicieron el principal esfuerzo por recuperar la ciudad.^[7]​ Los vecinos estaban exasperados por el saqueo que sus viviendas habían sufrido, a pesar de haber prestado auxilios a los británicos, se lanzaron contra los ocupantes con cuchillos y otras armas blancas. Se generó un degüello del que escaparon apenas 46 ocupantes.^[4]​ Les ayudaron los soldados peninsulares que habían huido al interior.^[2]​

MacGregor abandonó a sus soldados.^[8]​ Al parecer, al ver los primeros movimientos hostiles, embarcó su equipaje y botín en un barco y zarpó, ejemplo seguido por otros oficiales en los demás buques.^[9]​ Manuel Leonidas Scarpetta sentencia: «mas debido al mal proceder de sus compatriotas los Irlandeses, los abandonó a merced de los enemigos i se alejó del pais que tanto sirvió i amó, para no volver jamás a él en sus tiempos de paz i libertad».^[10]​ Quedaron a su suerte los soldados que estaban en el fortín, resistiendo hasta su capitulación.^[11]​ Unos 400 indios de Mamatoco murieron en el combate.^[12]​

El gobernador, en represalia por la guerra a muerte, ordena fusilar a los prisioneros. Como los indios se negaron, tuvieron que ser los peninsulares los que realizaron el trabajo sucio.^[3]​ En una carta fechada el 31 de octubre en la ciudad, Solís informaba al virrey Sámano de que hizo ejecutar a 64 republicanos.^[13]​ Poco después, en otra carta del 20 de noviembre el gobernador informaba al virrey de haber fusilado en Valledupar a otros 48 prisioneros ahí trasladados^[14]​ el 12 de noviembre.^[15]​

También fueron castigados los locales sospechosos de haber colaborado con los ocupantes, puesto que Solis estaba seguro de que algún habitante había invitado a MacGregor a la ciudad para empezar.^[16]​ Dicha actitud fue contraproducente, pues la mayoría de los habitantes se volvieron opositores al régimen realista.^[17]​

Según José Manuel Restrepo, historiador neogranadino de tendencias proclives a los republicanos, dice que la expedición fue mal dirigida, sirviendo sólo para dañar a la causa independentista. Los habitantes de la villa eran en su mayoría patriotas, pero al ver el saqueo de unos extranjeros bajo el pretexto de liberarlos se alzaron.^[11]​

• Friede, Juan (1967). «La expedición de Mac-Gregor a Riohacha: año 1819». Boletín Cultural y Bibliográfico X (09): 69-85. 
• Henao, Jesús María & Gerardo Arrubla (1920). Historia de Colombia para la enseñanza secundaria: La independencia. La república. Tomo II. Bogotá: Escuela Tipográfica Salesiana. 
• O'Connor, Francisco Burdett (1895). Independencia Americana: Recuerdos de Francisco Burdett O'Connor. Tarija: Imprenta de La Estrella. 
• Polo Acuña, José (2011). «Los indígenas de la Guajira en la independencia de las provincias caribeñas de la Nueva Granada: una aproximación». Memoria y Sociedad XV (30): 21-37. ISSN 0122-5197. 
• Restrepo, José Manuel (1858). Historia de la Revolución de la República de Colombia. Tomo II. Besanzón: J. Jacquin. 
• Rueda Santos, Rigoberto (2010). «Guerras de Independencia y participación de las clases populares en la Nueva Granada (1809-1924)». En Diana Bonnett, Michael LaRosa y Mauricio Nieto, compiladores, ed. Colombia. Preguntas y respuestas sobre su pasado y su presente. Bogotá: Universidad de los Andes. pp. 143-170. ISBN 978-958-695-529-4. 
• Saether, Steinar A. & Claudia Ríos Echeverry (2012). Identidades e independencia en Santa Marta y Riohacha, 1750-1850. Bogotá: Instituto Colombiano de Antropología e Historia. ISBN 9789588181295. 
• Scarpetta, M. Leónidas & Saturnino Vergara Moure. Diccionario biográfico de los campeones de la libertad de Nueva Granada, Venezuela, Ecuador i Perú: que comprende sus servicios, hazañas i virtudes. Bogotá: Imprenta de Zalamea por M. Díaz. 
• Uribe White, Enrique (1973). Padilla: homenaje de la Armada Colombiana al héroe de la Batalla del Lago de Maracaibo; biografía. Bogotá: Imprenta y Litografía de las Fuerzas Militares. 
• Viloria de la Hoz, Joaquín (2015). «Santa Marta real y republicana: El accionar económico y político de la Provincia de Santa Marta en los albores de la Independencia, 1810-1830». Cuadernos de historia económica y empresarial (Cartagena de Indias) (36). ISSN 1692-3707.