Perteneció a la Comunidad de Villa y Tierra de Fresno de Cantespino, que aún subsiste en la gestión de montes comunales. Al igual que Fresno, Barahona tenía el título de villa y la donación de la villa a Álvaro de Luna figura como Barahona de Ambos Barrios por ser compartida por Sepúlveda y Fresno.

Hacia mediados del siglo XIX, la villa tenía contabilizada una población de 49 habitantes.^[1]​ Aparece descrita en el tercer volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz de la siguiente manera:

BARAHONA DE FRESNO: v. con ayunt. de la prov. y dióc. de Segovia (12 leg.), part. jud. de Riaza (2), c. g. de Castilla la Nueva, aud. terr. de Madrid (23): sit. en una pequeña altura á 1 leg. al E. de la carretera de Francia por Somosierra, la combaten los vientos N. y E.; de clima sano, pues solo se padecen algunas pulmonias y dolores de costado: tiene 16 casas de un solo piso escepto la del curato que tiene 2; igl. parr. (San Cristóbal Mártir) con el cementerio inmediato á ella: confina el térm. por N. con Bercimuel á 1 leg., E. con Aldeanueva del Campanario, S. con Turrubuelo á 1/2 leg. ambos, y O. con Sequera á 1/4; en él se encuentran 2 palomares, comprendo 1,300 obradas de 300 estadales de 15/4; de las que se cultivan 900, siendo 150 de primera calidad, 350 de segunda y 350 de tercera, que alternan por mitad cada año. el terreno es llano, fuerte y fértil, aunque de secano; por ser migoso; tiene algo de monte bajo, barrancos y páramos que en todo compondrá unas 300 fan. y ademas un prado abierto de 120: los caminos son vecinales á los pueblos inmediatos; el correo se recibe de Riaza; prod. trigo, cebada, centeno, yeros, legumbres y hortalizas; tiene para la labor 3 yuntas de mulas, 12 de bueyes y 30 cab. de cerril vacuno; se mantiene ganado lanar, cabrio y alguna caza de liebres; pobl. 16 vec. 49 alm.; cap. imp.: 18,386 rs.; contr.: segun el cálculo geueral de la prov. 20 rs 24 mrs. p§: pesupupesto municipal 971 rs. 12 mrs. que se cubre con 170 rs. que producen los bienes de propios y el resto por repartimiento vecinal.

(Madoz, 1846, p. 373)

Aparece mencionado con el nombre actual en el censo de 1857,^[2]​ anteriormente se denominaba Baraona de Fresno.

A mediados del siglo XVIII fue agregado al municipio de Aldeanueva del Monte, así aparece en el censo de 1857.^[2]​ Cuando este último municipio fue agregado al de Riaza en 1979,^[2]​^[3]​ la población total del municipio no llegaba a los 75 habitantes.

• Madoz, Pascual (1846). «Barahona de Fresno». Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar III. Madrid. Wikidata Q115624375. 

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