La hidrología, las aguas termales y los balnearios tuvieron un gran desarrollo en Europa, especialmente a partir del último cuarto del siglo XIX.

Guipúzcoa tuvo un gran desarrollo de establecimientos balnearios a lo largo del siglo XIX como en Mondragón (Santa Águeda), Alzola, Lizarza, Ataun, Ormaíztegui, Gaviria, Escoriaza y Arrechabaleta.^[2]​

Su clientela procedía de una clase social adinerada generalmente de Madrid, que con una combinación de agua, dieta, aire puro y descanso trataban de renovar la salud física y moral. Otras personas no tan adineradas, se hospedaban en casas particulares y tomaban las aguas medicinales en el balneario.^[6]​

En Cestona, sus aguas eran utilizadas para tratar diversas afecciones como artritis, gota, cálculos renales, disfunciones de hígado o dispepsias digestivas, entre otras.^[7]​

Los inicios del balneario de Cestona están ligados a la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País, cuyos miembros ilustrados avalaron las cualidades químicas saludables de sus aguas a mediados del siglo XIX.^[8]​

La primera persona en establecer una casa de baños en el lugar fue Vicente de Lilli, quien formaba parte de la citada Sociedad.^[9]​

Posteriormente, ante la necesidad de realizar importantes inversiones que Lilli no podía afrontar, se hizo con el negocio el marqués de San Millan que fundó el balneario en 1804.^[5]​

El balneario recibió un notable impulso en julio de 1830, con la visita de Francisco de Paula Antonio, hermano de Fernando VII, acompañado de su esposa Carlota y sus seis hijos. ^[8]​

De los siglos XIX y XX son las instalaciones creadas al amparo del balneario. El Gran Hotel del Balneario de Cestona, parcialmente conservado, se levantó en 1898 bajo la dirección del arquitecto José Grases y Riera en un estilo muy sobrio y con una total ausencia de elementos decorativos.^[10]​

A lo largo de su historia tuvo momentos críticos como fueron las guerras carlistas, la primera guerra mundial o las inundaciones de 1983, tras las que el establecimiento supo adaptarse y consolidarse. Por otro lado, a lo largo del siglo XX, el desarrollo otras especialidades médicas redujeron la hidrología a un lugar testimonial en la práctica médica.^[11]​

Actualmente, la medicina que se aplica en los balnearios está más relacionada con el bienestar integral o la medicina preventiva que con la terapeútica médica propiamente dicha.^[12]​

A partir de las graves inundaciones de 1983, el Balneario de Cestona acometió una profunda renovación de servicios e instalaciones, dotándose con modernas técnicas hidroterápicas y balnearias y disponiendo de 130 habitaciones rodeado de jardines.^[13]​

En definitiva, una de las características principales del Balneario de Cetona ha sido su adaptación a los tiempos manteniendo la tradición con la modernidad, lo que le hace ser un referente de los balnearios en España.

1. ↑ «Los turistas que venían a beber agua a Euskadi». El Correo. 
2. ↑ ^{a b} Larrinaga, Carlos. «Balnearios Guipuzcoanos. 1776-1901». Real Sociedad Bascongada de los Amigos del País. 
3. ↑ «Balneario de Cestona, Guipúzcoa». Ganas de viajar. 
4. ↑ «Vicente de Lili-Idiáquez y Verdugo». Real Academia de la Historia. 
5. ↑ ^{a b} Rodríguez, Juan Antonio. «Nuevos documentos para la historia de la Hidrología: El marqués de San Millán y la fundación del Balneario de Cestona*». Cuadernos vascos de historia de la medicina. 
6. ↑ «La elegante Zestoa del siglo XVIII». Noticias de Guipúzcoa. 
7. ↑ Fernández Lablanca, Javier. «PATRIMONIO HISTÓRICO ESPAÑOL DEL JUEGO Y DEL DEPORTE”: EL BALNEARIO DE CESTONA». Museo del juego. 
8. ↑ ^{a b} «De la caseta inicial al Gran Hotel». Diputación Foral de Guipúzcoa. 
9. ↑ Urkia, José María. «El agua como remedio». Sociedad de Estudios Vascos. 
10. ↑ «Cestona». Enciclopedia Auñamendi. 
11. ↑ Maraver, Francisco. «ESTABLECIMIENTOS BALNEARIOS: HISTORIA, LITERATURA Y MEDICINA». Universidad Complutense de Madrid. 
12. ↑ Díaz, José Manuel. «El Balneario de Cestona». Boletín de la Sociedad Española de Hidrología Médica. 
13. ↑ «Patrimonio cultural». Gobierno Vasco.