Clasificaciones previas incluían Ataxophragmiidae en el suborden Textulariina del orden Textulariida^[2]​ o en el orden Lituolida.^[3]​

Ataxophragmiidae incluye a las siguientes subfamilias y géneros:

• Subfamilia Ataxophragmiinae
  • Arenobulimina †
  • Ataxoorbignyna †
  • Ataxophragmium †
  • Hagenowella †
  • Pityusina †
  • Preachrysalidina †
  • Sabulina †
• Subfamilia Pernerininae
  • Agglutisolena †
  • Anatoliella †
  • Coprolithina †
  • Crenaverneuilina †
  • Hagenowina †
  • Kaeveria †
  • Opertum †
  • Orbignyna †
  • Pernerina †
  • Voloshinoides †
  • Voloshinovella †
• Subfamilia Gerochellinae
  • Gerochella †

Otros géneros considerados en Ataxophragmiidae son:

• Ataxophragmoides † de la subfamilia Ataxophragmiinae, aceptado como Ataxophragmium
• Buliminopsis † de la subfamilia Ataxophragmiinae, considerado sinónimo posterior de Ataxophragmium
• Columnella † de la subfamilia Ataxophragmiinae, considerado subgénero de Arenobulimina, es decir, Arenobulimina (Columnella), y aceptado como Voloshinoides
• Harena † de la subfamilia Ataxophragmiinae, considerado subgénero de Arenobulimina, es decir, Arenobulimina (Harena), y aceptado como Arenobulimina
• Novatrix † de la subfamilia Ataxophragmiinae, considerado subgénero de Arenobulimina, es decir, Arenobulimina (Novatrix), y aceptado como Hagenowella
• Pasternakia † de la subfamilia Ataxophragmiinae, considerado subgénero de Arenobulimina, es decir, Arenobulimina (Pasternakia), y aceptado como Arenobulimina

Otros géneros de Ataxophragmiidae no asignados a ninguna subfamilia son:

• Beisselina †
• Gaudriyadhella †