Se reconocen las siguientes:

Género Apomys

• Subgénero Apomys - dimensiones menores.
  • Apomys camiguinensis
  • Apomys hylocetes
  • Apomys insignis
  • Apomys littoralis
  • Apomys microdon
  • Apomys musculus
• Subgénero Megapomys - dimensiones mayores.
  • Apomys abrae
  • Apomys aurorae
  • Apomys banahao
  • Apomys brownorum
  • Apomys datae
  • Apomys gracilirostris
  • Apomys iridensis
  • Apomys lubangensis
  • Apomys magnus
  • Apomys minganensis
  • Apomys sacobianus
  • Apomys sierrae
  • Apomys zambalensis

Hay 7 especies más pendientes de descripción.

• Musser, G. G. y M. D. Carleton. 2005. Superfamily Muroidea. Pp. 894-1531 en Mammal Species of the World a Taxonomic and Geographic Reference. D. E. Wilson y D. M. Reeder eds. Johns Hopkins University Press, Baltimore.
• L.R.Heaney, E.A.Rickart, D.S.Balete, M.V.Duya, M.R.Duya, & S.Steppan (2011). «Seven new species and a new subgenus of forest mice (Rodentia: Muridae: Apomys) from Luzon Island». Fieldiana Life and Earth Sciences 2: 1-60. 
• Heaney, Lawrence Richard; Balete, Danilo S.; Duya, Mariano Roy M.; Duya, Melizar V.; Jansa, Sharon A.; Steppan, Scott J.; et al. (2016). Doubling diversity: a cautionary tale of previously unsuspected mammalian diversity on a tropical oceanic island. Frontiers of Biogeography, 8(2). fb_29667. Encontrado en: http://escholarship.org/uc/item/5qm701p2.

•   Wikispecies tiene un artículo sobre Apomys.
•   Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Apomys.