Apolonia (en griego, Ἀπολλωνία o Ἀπελλωνία) es el nombre de una antigua ciudad griega de Creta.

Es mencionada en una lista de las ciudades cretenses citadas en un decreto de Cnosos de hacia los años 259/233 a. C.^[1]​ así como en la lista de las ciudades cretenses que firmaron una alianza con Eumenes II de Pérgamo en el año 183 a. C.^[2]​

Apolonia mantenía un tratado de amistad, de doble ciudadanía y de participación en decisiones relacionadas con la justicia con la ciudad de Cidonia cuyos términos figuraban en el templo de Zeus Ideo, pero hacia el año 170/169 a. C. los cidoniatas rompieron el pacto, ocuparon por la fuerza Apolonia, asesinaron a los hombres, saquearon la ciudad y se repartieron las tierras de cultivo.^[3]​

Diversas inscripciones documentan la existencia en la Antigüedad de un santuario de Apolo. Se situaba en la costa norte de Creta, en el territorio actual de Agia Pelagia, aproximadamente a 20 km al oeste de Heraclión.^[4]​

No debe confundirse con Eleuterna, otra ciudad cretense que, según Esteban de Bizancio, anteriormente se había llamado Apolonia.^[5]​