Actualmente se considera la existencia de tres especies y ocho subespecies:^[1]​^[3]​

• Apalone ferox (Schneider, 1783) - Tortuga de caparazón blanda de Florida.
• Apalone mutica (LeSueur, 1827) - Tortuga lisa de caparazón blanda.
  • Apalone mutica mutica (LeSueur, 1827) - Tortuga lisa de caparazón blanda del interior.
  • Apalone mutica calvata (Webb, 1959) - Tortuga lisa de caparazón blando del golfo.
• Apalone spinifera (LeSueur, 1827) - Tortuga espinosa de caparazón blando.
  • Apalone spinifera aspera (Agassiz, 1957) - Tortuga espinosa de caparazón blando del golfo.
  • Apalone spinifera atra (Webb & Legler, 1960) - Tortuga de caparazón blando de Cuatro Ciénegas.^[4]​
  • Apalone spinifera spinifera (LeSueur, 1827) - Tortuga espinosa de caparazón blando norteña.
  • Apalone spinifera emoryi (Agassiz, 1857) - Tortuga espinosa de caparazón blando de Texas.
  • Apalone spinifera guadalupensis (Webb, 1962) - Tortuga espinosa de caparazón blando de Guadalupe.
  • Apalone spinifera pallida (Webb, 1862) - Tortuga pálida de caparazón blando.

Durante mucho tiempo la subespecie de A. s. atra se le consideraba una especie independiente (Apalone atra). Sin embargo, varios estudios realizados en 2008 identificaron a dicho taxón dentro de la especie Apalone spinifera, estando cercanamente emparentada con la subespecie A. s. emoryi.^[5]​^[4]​ De igual manera se discute sobre si esta población representa una subespecie individual o solo es un morfotipo de A. s. emoryi con una coloración diferente,^[6]​ lo cual pudiese responder a cambios dentro del hábitat.^[7]​

1. ↑ ^{a b} Rhodin, Anders G.J. (15 de noviembre de 2021). Turtles of the World: Annotated Checklist and Atlas of Taxonomy, Synonymy, Distribution, and Conservation Status (9th Ed.).. Chelonian Research Monographs. Chelonian Research Foundation and Turtle Conservancy. ISBN 978-0-9910368-3-7. Consultado el 12 de abril de 2022. 
2. ↑ Andre., Meylan, Peter (1987). The phylogenetic relationships of soft-shelled turtles (family Trionychidae). American Museum of Natural History. OCLC 923496748. Consultado el 12 de abril de 2022. 
3. ↑ Peter., Fritz, Uwe. Havaš, (2007). Checklist of Chelonians of the world. Museum of Zoology Dresden. OCLC 234315730. Consultado el 12 de abril de 2022. 
4. ↑ ^{a b} McGaugh, Suzanne E.; Eckerman, Curtis M.; Janzen, Fredric J. (2008-05). «Molecular phylogeography of Apalone spinifera (Reptilia, Trionychidae)». Zoologica Scripta 37 (3): 289-304. ISSN 0300-3256. doi:10.1111/j.1463-6409.2008.00329.x. Consultado el 12 de abril de 2022. 
5. ↑ Cerdá-Ardura, Adrián; Soberón-Mobarak, Francisco; McGaugh, Suzanne; Vogt, Richard (9 de agosto de 2008). Apalone spinifera atra (Webb and Legler 1960) – Black Spiny Softshell Turtle, Cuatrociénegas Softshell, Tortuga Concha Blanda, Tortuga Negra de Cuatrociénegas. Chelonian Research Foundation. pp. 021.1-021.4. Consultado el 12 de abril de 2022. 
6. ↑ McGaugh, Suzanne E.; Janzen, Fredric J. (2008-08). «The Status of Apalone atra Populations in Cuatro Ciénegas, Coahuila, México: Preliminary Data». Chelonian Conservation and Biology 7 (1): 88-95. ISSN 1071-8443. doi:10.2744/CCB-0651.1. Consultado el 12 de abril de 2022. 
7. ↑ McGaugh, Suzanne E. (2008-06). «Color Variation among Habitat Types in the Spiny Softshell Turtles (Trionychidae: Apalone) of Cuatrociénegas, Coahuila, Mexico». Journal of Herpetology 42 (2): 347-353. ISSN 0022-1511. doi:10.1670/07-176.1. Consultado el 12 de abril de 2022. 

• Tortoise.org Apalone entry
• Spiny Softshell Turtle - Apalone spinifera Species account from the Iowa Reptile and Amphibian Field Guide