Quedó huérfano durante su juventud, ingresó al monasterio Santa Catalina de Monte Corbán de la Orden de San Jerónimo en donde realizó sus estudios y juró sus votos monásticos. Impartió clases en los colegios de Ávila, Sigüenza y Salamanca. Fue prior del monasterio y visitador de la Orden.^[1]​

Fue propuesto por Carlos III para obispo en la diócesis de Comayagua en 1776. Tomó posesión de la prelatura en 1777.^[2]​ Durante su gestión se presentó una hambruna en la zona, apoyó a la población mediante la coordinación de traslado de maíz a las comunidades afectadas.

El 15 de diciembre de 1783 fue elegido obispo para la diócesis de Michoacán, se instaló en esta mitra el 25 de junio de 1784.^[2]​ Durante su gestión ocurrió la crisis agrícola de 1785-1786 que fue conocida como el "hambre gorda". Con la experiencia adquirida en Comayagua ayudó a los diocesanos. Ordenó la construcción del acueducto de Morelia e impulsó el desarrollo agrícola implementando métodos de labranza y fertilización con la ayuda de José Pérez Calama y Manuel Abad y Queipo. Se pronunció en contra de las medidas tomadas (regalismo borbónico) por Carlos IV las cuales tenían como finalidad debilitar el fuero eclesiástico y otros privilegios. Fue protector de Manuel de la Bárcena, quien le escribió un Elogio fúnebre después de su muerte, la cual ocurrió el 18 de junio de 1804.^[1]​

• Ávila, Alfredo; Ortiz Escamilla, Juan; Serrano Ortega, José Antonio (2010). Enrique Florescano, ed. Actores y escenarios de la Independencia. Guerra, pensamiento e instituciones, 1808-1825. México: Fondo de Cultura Económica. ISBN 978-607-16-0482-8.  |fechaacceso= requiere |url= (ayuda)

• «Acueducto mandado construir por el obispo de Michoacán Fray Antonio de San Miguel». Consultado el 24 de agosto de 2011.