Antonio Justiniano Chavarri nació en la ciudad de Santiago de Guatemala por la década de 1600s, siendo hijo de Juan Tobías Justiniano Chavarri y de Francisca López de Villanueva; era hermano de Francisco Justiniano Chavarri (caballero de la orden de Santiago que fue alguacil mayor del Consejo de Indias) y sobrino de Antonio María Justiniano Chavarri (uno de los hombres más ricos de la ciudad de Guatemala en la primera mitad del siglo XVII).^[1]​

Fue regidor de Santiago de Guatemala y al alcalde de la dicha ciudad en 1641 y 1642;^[2]​ luego en 1642 -debido al fallecimiento de Martín Duarte Fernández- fue designado por el presidente-gobernador y capitán general de Guatemala Álvaro de Quiñones y Osorio como alcalde mayor de San Salvador, dicho nombramiento fue aprobado por el rey Felipe IV por real cédula emitida el 25 de enero de 1842.^[1]​

En 1643 envió un contingente militar para socorrer la ciudad de Trujillo (en la costa atlántica de la gobernación de Honduras), que estaba siendo asediada por piratas; dicho contingente junto con las tropas del gobernador de Honduras Melchor Alfonso Tamayo, lograron expulsar a los piratas y también impidieron otro ataque al siguiente año.^[3]​

Su período como alcalde mayor terminaría en 1647 (aunque su juicio de residencia dictaría sentencia hasta el año de 1664); se asentaría en la ciudad de Santiago de Guatemala, en donde ejercería de regidor y alcalde esa ciudad en 1649, y en donde (en ese año de 1649) sería agraciado con el hábito de la orden de Santiago.^[1]​ Posteriormente el 12 de junio de 1651 solicitaría un hábito de las órdenes para su primo Nicolás.^[1]​

Falleció el 27 de noviembre de 1658, dejando testamento, al cual el tribunal de Bienes Difuntos realizó un minucioso inventario de los numerosos bienes que dejó.^[1]​