Nació en Grenoble, y se graduó en Medicina y Cirugía en Montpellier.

Después de practicar durante un tiempo en Marsella, se convirtió en el cirujano jefe de Mehemet Ali, virrey de Egipto. En Abu Zabal, cerca de El Cairo, entonces Hospital Kasr El Aini, fundó un hospital y escuelas para todas las ramas de la instrucción médica, así como para el estudio de la lengua francesa; y, superando las dificultades religiosas más serias, introdujo el estudio moderno de la anatomía (ver su enseñanza en el cuadro que muestra su primera lección) mediante la disección.^[1]​ En 1832 Mehmet Ali le concedió la dignidad de bey sin requerirle que abjurara de su religión católica; y en 1836 recibió el rango de general, y fue nombrado cabeza de la administración médica del país.

En 1849 regresó a Marsella, aunque volvió a visitar Egipto en 1856.

Murió en Marsella en 1868, a los 74 años.

• Relación de las epidemias de cólera que se desataron en el Hiyaz, Suez, y Egipto (1832)
• De La Peste observe en Egypte (1840)
• Apercu general sur l'Egypte (1840)
• Coup d'oeil sur la peste et les quarantaines (1851)
• De l'ophthalmie (1864)

• Una calle en su ciudad natal de Grenoble lleva su nombre.
• Una calle en la ciudad de El Cairo lleva su nombre.^[2]​
• Estatuas suyas están presentes en Kasr El Aini Hospital y en su museo.
• La alondra picocorda, un pájaro del norte africano y el desierto sirio y árabe, nombre científico Rhamphocoris clotbey, fue nombrado en honor de Clot por el naturalista Charles Lucien Bonaparte.

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  Antoine Barthelemy Clot (1793-1868).
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  Retrato de Clot, como Doctor-Bey en uniforme del Ejército egipcio (Museo de Grenoble).
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  Clot Bey en uniforme del ejército egipcio enseñando la primera lección de anatomía moderna en Abu-Zaabal, el 20 de junio de 1829. A la lección asistieron algunos sheiks (jefes) de la universidad al-Azhar.
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  Tumba de Clot-bey en Marsella, Francia.

3. Aboul-Enein BH & Puddy W. Contribuciones de Antoine Barthélémy Clot (1793-1868): Una reflexión historiográfica de la salud pública en el Egipto Otomano. Revista de Biografía Médica, 2015. doi: 10.1177/0967772015584708

•   Varios autores (1910-1911). «Clot, Antoine Barthélemy». En Chisholm, Hugh, ed. Encyclopædia Britannica. A Dictionary of Arts, Sciences, Literature, and General information (en inglés) (11.ª edición). Encyclopædia Britannica, Inc.; actualmente en dominio público.