El origen de esta oración es incierto, pero se supone que pudo haber sido compuesta en el siglo XIV. Hay aproximadamente veinte manuscritos de aquel siglo que la contienen. Un manuscrito del Museo Británico (ms. Harley 2253), datado c. 1340, contiene esta oración en una versión diferente. Ya en aquel siglo aparece traducida al alemán, al francés y al italiano. Fue atribuida diversamente a santo Tomás de Aquino, al papa Juan XXII, al Beato Bernardino de Feltre y a san Ignacio de Loyola. El manuscrito más antiguo conservado coincide con el pontificado del Papa de Aviñón Juan XXII. En diversos manuscritos se atribuía la autoría a este papa por haber otorgado al rezo de la oración tres mil días de indulgencias; esto contribuyó a su popularidad. En la biblioteca de Aviñón se conserva un libro de oración del cardenal beato Pedro de Luxemburgo, quién murió en 1387, que contiene el Anima Christi en una forma muy similar a la actual. También ha sido encontrada en una inscripción en el patio de las doncellas del Alcázar de Sevilla de la época de Pedro I de Castilla.

La oración Anima Christi consiguió una renovada difusión gracias a san Ignacio de Loyola por haberla prescrito en algunas meditaciones de sus Ejercicios Espirituales. En ediciones impresas posteriores de los Ejercicios se añadió el texto del Anima Christi, con el fin de facilitar su recitación por parte de los ejercitantes, y esto llevó a la suposición popular de que fue compuesta por el santo.^[2]​ El Anima Christi se encontraba en libros de oración que utilizaba san Ignacio en su juventud.

El Enchiridion Indulgentiarum de 2004 concede la indulgencia parcial a los fieles de Cristo que rezan el Anima Christi después de haber recibido la Comunión.^[3]​

• Jean-Baptiste Lully compuso un Motete con el texto del Anima Christi.
• Franz Liszt compuso una versión en 1874 para coro masculino con órgano.
• El compositor católico Marco Frisina compuso una versión coral para cuatro voces en el año 2000.
• El grupo coral Libera lo incorporó a su álbum Forever^[4]​ (2023).

•  Este artículo incorpora texto de una publicación ahora en el dominio público: Herbermann, Charles, ed. (1913).  El contenido de este artículo incorpora texto de la Enciclopedia Católica (1913), que se encuentra en el dominio público. Enciclopedia católica. Robert Appleton Compañía.