El torneo se jugó en dos etapas, una Etapa Clasificatoria y una Etapa Eliminatoria, en la Primera Fase Organizada en 78 zonas de entre 3 y 4 equipos, se disputaron por el sistema "todos contra todos" partidos de ida y vuelta, a lo largo de 6 fechas. En el caso de zonas conformadas por tres equipos, mientras dos equipos disputaban un partido, el restante quedaba con fecha libre. Clasificaron a la Etapa Eliminatoria los dos mejores de cada grupo (156 equipos) y los 36 mejores terceros, de entre los equipos que finalizaron en tercera ubicación en las 57 zonas de 4 equipos.

La Etapa Eliminatoria estuvo dividida en 3 grupos de 64 equipos cada uno según criterios geográficos, en cada una hubo series eliminatorias a doble partido empezando por la Segunda Fase hasta la Sexta Fase donde se decidieron 3 campeones en simultáneo. Los 3 campeones ascendieron de manera directa mientras que los subcampeones disputaron promociones contra equipos provenientes del Torneo Argentino B 2009-10 para poder ascender.

Esta fue la 3.ª temporada en la que Villa Cubas participó de la quinta categoría para equipos indirectamente afiliados.

Primera Fase^[1]​

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