El sistema de disputa de la temporada 2013/14 será:^[1]​^[2]​

• Primera fase: Se llevará a cabo por el sistema de puntos en las zonas 1 a 14, en las cuales jugarán todos contra todos a dos ruedas (dentro de su zona), en partidos de ida y vuelta. Se llevará a cabo por el sistema de puntos en la zona 15, en la cual jugarán todos contra todos a tres ruedas (dentro de su zona). Clasifican a la Segunda fase del primero (1.º) al cuarto (4.º) de las zonas 1 a la 14; el primero (1.º) al tercero (3.º) de la zona 15 (Total: 59 equipos).
• Segunda fase: Estará integrada con los cincuenta y nueve (59) clubes clasificados de la Primera fase, se conformarán nueve (9) zonas de seis clubes cada una y una (1) zona de cinco clubes (Total: 10 zonas). En cada zona se disputará por suma de puntos a dos ruedas, en partidos de ida y vuelta, iniciando la disputa de esta fase con puntaje cero (0) todos los participantes. Clasifican a la Tercera fase el primero y el segundo de todas las zonas y los cuatro mejores equipos ubicados en el tercer lugar de las zonas integradas por seis equipos (Total: 24 clubes).
• Tercera fase: Estará integrada por los veinticuatro (24) clubes clasificados de la Segunda fase. Se desarrollará por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede.
• Cuarta fase: Estará integrada por los doce (12) clubes ganadores de la Tercera fase. Se desarrollará por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede. Los seis (6) clubes ganadores clasifican a la Quinta fase.
• Quinta fase: Estará integrada por los seis (6) clubes ganadores de la Cuarta fase. Se desarrollará por el sistema de eliminación directa a doble partido, uno en cada sede. Los tres (3) clubes ganadores ascienden al Torneo Federal A 2014.

Finalizada esta primera fase los equipos que se ubicaron en las dos últimas posiciones en las zonas integradas por nueve o diez equipos, y el que ocupó la última posición en la zona integrada por seis equipos, descenderán al Torneo del Interior 2015. En todos los casos de igualdad en puntos de dos o más equipos de la misma zona, a los fines de determinar el descenso, se realizarán partidos de desempate en cancha neutral, de acuerdo con lo establecido en el Art. 111 del Reglamento General de la AFA.

Esta es la 3.ª participación del club en la cuarta categoría.

• Anexo:Villa Cubas en la Copa Argentina 2013-14

1. ↑ ascensodelinterior, ed. (2013). «Las zonas, forma de disputa y fixture del Argentino B 2013-2014». Consultado el 7 de julio de 2013. 
2. ↑ ascensodelinterior, ed. (2014). «Segunda Fase en adelante». Consultado el 17 de marzo de 2014. 
3. ↑ Pese a terminar en zona de descenso, mantuvo la categoría por la reforma del torneo.
4. ↑ El Consejo Federal le dio por perdido el partido a ambos equipos por los disturbios provocados por los jugadores de los dos equipos.