• 1621-24 de febrero de 1623 • Antonio de Aróstegui. Secretario de Estado en el negociado de Italia desde 1610.
• 10 de marzo de 1623-diciembre de 1626 • Pedro de Contreras. Secretario de la Cámara de Castilla.
• diciembre de 1626-agosto de 1627 • Juan de Insausti
• 1627-1643 • Jerónimo de Villanueva. Secretario de Estado en el negociado de España desde el 27 de septiembre de 1630.
• 1643-1648 • Andrés de Rozas. Secretario de Estado en el negociado de Norte desde el 27 de noviembre de 1630.
• 30 de marzo de 1648-27 de julio de 1660 • Fernando Ruiz de Contreras. Secretario de Estado en el negociado de España.
• 1660 • Pedro Coloma y Escolano
• septiembre de 1660-1661 • Antonio Carnero Trogner. Secretario de Estado en el negociado de España desde octubre de 1660.

• 1661-8 de septiembre de 1665 • Luis de Oyanguren. Secretario de Estado en el negociado de Norte entre enero de 1660 y octubre de 1661, y desde entonces en el negociado de Italia.

• septiembre de 1665-14 de octubre de 1669 • Blasco de Loyola. Secretario de Estado en el negociado de Italia desde abril de 1662.
• 18 de octubre de 1669-4 de octubre de 1676 • Pedro Fernández del Campo y Angulo. Secretario de Estado en el negociado de Italia.
• 1677-5 de abril de 1682 • Jerónimo de Eguía y Grifo.
• abril de 1682-10 de mayo de 1685 • José de Veitia y Linaje.
• julio de 1685-junio de 1691 • Manuel Francisco de Lira y Castillo. Secretario de Estado en el negociado de Italia desde 1679.
• 1691-marzo de 1694 • Juan de Angulo
• 1694-enero de 1695 • Alonso Gaspar Carnero López de Zárate. Secretario de Estado en el negociado de Italia desde 1691.
• junio de 1695-agosto de 1697 • Juan de Larrea Ortiz de Zárate.
• agosto de 1697-8 de febrero de 1698 • Juan Antonio López de Zárate. Secretario de Estado en el negociado de Italia desde septiembre de 1694.
• enero de 1698-enero de 1705 • Antonio de Ubilla, marqués de Rivas. Confirmado por Felipe V el 18 de febrero de 1701. Entre septiembre de 1703 y agosto de 1704, los asuntos de Guerra fueron atendidos por Manuel de Coloma y Escolano.

• enero de 1705-11 de julio de 1705 • Pedro Cayetano Fernández del Campo. El 8 de febrero de 1705 obtuvo el cargo de secretario del Consejo de Estado en Italia.
• 1705-1714
  • José de Grimaldo y Gutiérrez de Solórzano, secretario de Despacho para Hacienda y Guerra
  • Pedro Cayetano Fernández del Campo, secretario de Despacho para todo lo demás.
• 1714 • Manuel de Vadillo y Velasco, secretario de Despacho para todo lo demás

El año 1714 se produjo la muerte de la reina María Luisa Gabriela de Saboya en febrero y la vuelta de Jean Orry a España a final de abril, lo que trajo unos cambios administrativos: El secretario de Despacho Pedro Fernández del Campo fue sustituido por Manuel Vadillo y el Real Decreto de 30 de noviembre de 1714 implantó el sistema ministerial francés, estableciendo las secretarías de Despacho específicas.

Su enemigo el archiduque Carlos como rey Carlos III de España estableció una administración paralela que mantenía la continuidad con el reinado de Carlos II. El 23 de febrero de 1707 designó a Ramón de Vilana Perlas como Secretario del Despacho Universal,^[1]​ y tras el Decreto del Pardo de 23 de octubre de 1710 se añadió otro secretario más el 12 de octubre de 1711, Juan Antonio Romeo y Anderaz.^[2]​^[3]​ El 29 de diciembre de 1713, ya perdida la Guerra de Sucesión, la secretaría de Despacho Universal fue reformada por el ya entonces emperador Carlos VI, reduciéndose a un único secretario, Ramón de Vilana, para ocupar la Secretaría de Estado y del Despacho Universal del Consejo de España, que hasta 1736 se va a encargar de los territorios españoles enajenados a Felipe V en Europa, puesto que el emperador no había renunciado a la Corona española.^[4]​

5. López-Cordón, Mª Victoria (1996) "Secretarios y Secretarías en la Edad Moderna: De las manos de príncipe a relojeros de la monarquía", Studia Histórica. Historia Moderna (15), pp. 107-131. ISSN: 0213-2079